У меня возникает ощущение, что молодые вайтишники совсем стали пренебрегать правилами элементарной гигиены, потому что иного обоснования, как база данных в незашифрованном виде могла попасть в руки хакеров, я не могу придумать. Кроме разве что теорий заговора.

Я не очень в курсе, для чего вообще хранились почтовые адреса людей, ведь нужны они были разве что для того, чтобы получить подтверждение, что почта существует и человек не фиктивный, после чего её можно было смело удалить. Но раз нужно, так нужно.

Для такого случая отлично бы подошло любое асимметричное шифрование. Суть его, я полагаю, большинству известна. А кому не известна, - я поясню. Асимметричное шифрование - это такой способ шифрования, при котором для зашифровки используется один ключ, а для расшифровки - другой. Первый ключ мы используем для шифрования данных (в том числе имэйлов) - потерять его вообще не страшно, его можно выложить хоть в открытый доступ, потому что расшифровать с помощью него ничего не получится. Второй же ключ - храним в очень тайном месте и никому не говорим о нём, и, тем более, не выкладываем его на сервер, который могут взломать. Когда набралось бы ожидаемые пол миллиона человек, можно было бы достать ключ для расшифровки и получить список адресов из БД, например, для рассылки о том, что "пора".

Создатели же системы, судя по всему, понадеялись на свои силы и на авось. Как результат: сотни тысяч подтверждённых активных почтовых ящиков в открытом доступе. Кто ими воспользуется: мошенники для рассылки спама или противоборствующая сторона для давления - одному богу известно. Не надо так делать.