Меня зовут Петя Пархоменко, я один из дизайн-директоров компании EPAM. Сегодня будет вдохновляющая история о пользе Open Source проектов. О том, как наш редактор химических формул помогает учёным из разных стран объединяться и спасать мир.
Мы сами не ожидали, где и как пригодится наш продукт
Есть как минимум две причины, которые вдохновляют нас на разработку некоммерческих проектов. Первая — сделать мир лучше, помогая другим людям делать его лучше. Вторая причина — немного прославиться, показать всем, чем мы занимаемся и что умеем.
Специфика работы в EPAM заключается в том, что почти все наши проекты под жесточайшим NDA, и мы не сможем вам о них рассказать, пока вы не придёте к нам на собеседование. А собственные проекты — это хорошая возможность «пошуметь» в профессиональном сообществе.
Ketcher стал одним из наших некоммерческих проектов. По сути, это графический веб-редактор химических формул — лёгкий, понятный и быстрый. Можно нарисовать формулу с нуля, загрузить из файла или импортировать из картинки.
Ketcher — проект с богатой историей на GitHub. В прошлом году мы собрали отдельную дизайн-команду волонтёров. Ребята отправились на поиски существующих пользователей, чтобы понять, в какую сторону улучшать Ketcher. Главным открытием для нас стал проект MoonShot — международная команда учёных, встроившая в свой процесс исследований лекарства от COVID-19 наш редактор.
Чем занимаются учёные в проекте MoonShot
Некоммерческий проект MoonShot запустила научная организация PostEra — в его рамках учёные со всего мира разрабатывают лекарства от COVID-19. Некоторые фармацевтические компании уже продают лекарство от коронавируса по 500–700 $ за курс, а основная цель MoonShot — найти более доступную формулу, чтобы наладить массовое производство препарата и сделать его дешевле. У препарата даже не будет патента — любая фармакологическая компания сможет воспользоваться итоговой формулой и выпустить лекарство. Это круто: так препарат будет доступен в любом уголке Земли.
Проект работает по принципам открытой науки: собирает деньги на разработку, а взамен открыто рассказывает в Сети о своих успехах и неудачах. В 2022 году учёные планируют запустить клинические испытания лекарства от COVID-19.
Как на проекте MoonShot используют Ketcher
Чтобы ускорить разработку лекарства, основатели MoonShot сделали платформу для сбора заявок максимально открытой. Любой учёный может загрузить свою формулу, и экспертный совет оценит её потенциал и передаст в дальнейшую обработку ИИ.
Вот как выглядит процесс:
Учёный загружает химическую формулу в Ketcher. Он может собрать её прямо в редакторе или найти в интернете составные части соединения и собрать свою формулу на платформе. В графе «Текст» учёному нужно описать, почему эта формула может помочь. Можно привести теоретические доказательства, не обязательно эксперименты.
Ketcher переводит нарисованные элементы химической формулы в текстовый вид, а потом за дело берётся искусственный интеллект PostEra. ИИ не только оценивает формулу, но также предлагает варианты, как именно синтезировать такое же или похожее вещество.
PostEra открыла проект MoonShot в конце марта 2020 года и уже в апреле получила 3 500 вариантов формул от 280 учёных со всего мира. Новые заявки приходят до сих пор.
Как крауд-проекту MoonShot удалось быстро найти работающие формулы и запланировать клинические испытания через два года после начала разработок
Я думаю, проект MoonShot провалился бы, если бы на разных этапах его не поддержали неравнодушные люди.
Учёные пользуются бесплатными программами, которые ускоряют разработку лекарства, например веб-редактором химических формул Ketcher.
Сотни учёных со всего мира безвозмездно придумывают формулы для лекарства от COVID-19 — денег на этом этапе они не получают, рассчитывать на зарплату могут лишь те, чьи формулы признают потенциально удачными.
Проект MoonShot запустил краудфандинг и собрал 60 421 $ добровольных пожертвований.
Отдельные компании жертвуют деньги на разработку лекарства от COVID-19 и выдают гранты. Например, компания LifeArc выдала учёным MoonShot грант в размере 100 000 фунтов стерлингов.
Американская организация банкиров предоставляет проекту MoonShot высокомощные компьютеры для автоматизированных экспериментов. Это ускорило проверку потенциально удачных соединений — проверка на лабораторных животных заняла бы куда больше времени.
Компании по всему миру предлагают свою помощь. Например, самые удачные соединения препарата синтезируются компаниями Enamine на Украине, Sai Life Sciences в Индии и Wuxi в Китае.
Это пример эффекта домино: достаточно небольшого импульса. Пара человек решает запустить некоммерческий проект, и на них буквально сходит лавина предложений о сотрудничестве: учёные присылают свои наработки и готовы трудиться днём и ночью, частные компании и государства выделяют деньги, а IT-компании бесплатно предлагают технологии и опенсорс-программы.
Так наш pet-проект принял участие в большой коллаборации, которая дала людям и технологиям возможность объединиться и совместно делать по-настоящему крутые вещи. Это вдохновляет.
Больше о деятельности питерского департамента – на странице нашего #FFFnights community на Community-Z
ibrin
омикрон же!
aDuser Автор
@ibrin, спасибо за комментарий!
Наш редактор химических формул Ketcher помогает разрабатывать лекарства для любого из штаммов коронавируса SARS-CoV-2: и для Дельты, и для Омикрона.
ibrin
Нет, не так. Омикрон и есть лекарство. Безопаснее любой ковидной вакцины и вырабатывает правильный иммунный ответ.
aDuser Автор
Уважаемый @ibrin,
вы несомненно правы в том, что "омикрон радикально приблизит стадию перехода в эндемическую фазу, перезаражав вообще всех, особенно в странах, где к ограничениям относятся формально". Это позволяет его сравнивать с вакцинами, но не с лекарствами. Вакцины действуют превентивно и предотвращают/ослабляют возможное заболевание, тогда как лекарства помогают нам справиться с тяжелым течением самой болезни.