Как я решил стать биологом

О смене поля деятельности я задумался примерно на восьмом году своей IT карьеры. За это время я успел побыть Android, iOS, Ruby разработчиком и менеджером, как на родных просторах, так и зарубежом. Не буду вдаваться в подробности поисков себя, скажу лишь что биология мне была интересна со школы(не в последнюю очередь из-за молодых и симпатичных учительниц!). В итоге я поступил в магистратуру Гентского университета(Gent University) по специальности Биоинформатика: Системная биология.

Биология и биоинформатика заслуживают отдельной статьи. Если кратко, то со времен первого секвенированного генома человека(2001 год) биологию невозможно себе представить без анализа большого количества данных. Например, эволюционную биологию невозможно себе представить без вычислительного анализа белковых и геномных последовательностей на предмет наличия общего предка. В медицине используется анализ генетических данных пациента для поиска оптимальной стратегии лечения онкологических заболеваний. Все это требует инфраструктуры для хранения и обработки больших данных. Правят бал по-прежнему биологи, которые дополнительно изучили биоинформатику. Это порождает целый ряд проблем с написанием качественного софта. Поэтому люди с опытом разработки приветствуются, хотя глубокое знание биологии по-прежнему является ключевым.

Почему Гент

В Генте дождливо, но по-своему уютно

У меня сложилось впечатление что о Генте за пределами Бельгии мало кто слышал, по крайней мере среди коллег на моей прошлой работе. Да и вообще, за 5 лет жизни в Германии я не встречал ни одного бельгийца, в отличие от поляков, французов, итальянцев и выходцев из бывшего СССР. Гент довольно небольшой город, и он не был первым в моем списке когда я выбирал место обучения. Однако, сыграли роль несколько факторов:

• Стоимость обучения. Я не гражданин ЕС, поэтому в большинстве стран Евросоюза образование для меня дороже чем для местных. Например, в Швеции или Финляндии один год обучения в магистратуре стоит 14-18 тысяч евро. В Бельгии же эта сумма в несколько раз меньше: в UGent я плачу примерно 2000 евро в год.
• Оказалось что Гент, да и вся Фландрия(часть Бельгии которая говорит по-голландски) довольно сильна в биотехнологиях. Кроме Гента здесь есть Католический университет Лёвена, исследовательский институт VIB, и другие. Все они тесно сотрудничают, участвуют в совместных проектах и дают начало многочисленным спин-оффам.

На выбор также была Барселона, но я посчитал что это уж совсем жаркий и туристический для меня город. Все-таки не хотелось каждый день пробираться через толпы туристов. Был так же вариант получить стипендию в Швеции или Финляндии, но мне нечем было удивить приемную комиссию. Поэтому платить бы пришлось полную цену.

Поступление

Диплом бакалавра я получил в далеком 2012 году в Севастополе, причем вуза моего уже юридически не существует. СевНТУ прекратил свое существование в 2014 году, и поначалу у меня было подозрение что подтвердить подлинность своего диплома я никак не смогу. Например, в США требуется чтобы вуз, выдавший диплом, отправил физическое письмо с вашими оценками. Можно сказать что мне повезло и оказалось достаточно заполучить апостиль на диплом в одном восточноевропейском государстве. Пара сотен евро, несколько раундов пересылки документов по маршруту Киев-Берлин(а жил на тот момент в Берлине) и вожделенная красная ленточка апостиля украсила мой диплом и дала ему юридическую силу.

В отличие от России, поступление в магистратуру в западной Европе совсем не требует сдачи экзаменов. Достаточно лишь отсканировать все необходимые документы, написать мотивационное письмо и подать заявку на сайте университета. В мотивационном письме нужно кратко и по делу рассказать почему интересует именно данная специальность. Причем в Бельгии поступить в магистратуру может каждый у кого диплом бакалавра удовлетворяет требованиям специальности. В той же Швеции зачисление происходит на конкурсной основе. Поскольку обучение на английском языке, то необходимо еще и сдать один из языковых тестов.

Я подал заявку в 8 университетов по всей Европе и поступил в 6. Подача документов в UGent бесплатная, в других вузах иногда необходимо заплатить 50-70 евро. В итоге легализация документов, подача заявок и сдача TOEFL обошлись примерно в 600-700 евро.

Прием заявок в вузы в Европе в основном начинается раньше чем мы привыкли, зачастую в ноябре. А заканчивается для кандидатов не из ЕС примерно в январе, так что стоит заранее все спланировать.

Переезд в Гент

Как я уже говорил, я не гражданин ЕС, поэтому мне необходимо было получить визу для обучения. Не буду утомлять деталями, скажу лишь что это мучительный, долгий и дорогой процесс(если мне не изменяет память около 1000 евро на меня и жену).

Тема поиска жилья также заслуживает отдельной истории. Могу сказать что плачу я за квартиру больше чем хотел бы. Как знает каждый бельгиец, рынок недвижимости тут невероятно перегрет.

Первым делом по приезду нужно зарегистрироваться в университете. Там вы показываете оригинал диплома, фотографируетесь и официально становитесь студентом.

Спустя 8 лет я опять студент. И да, не спрашивайте про имя

Получив студенческий билет можно снять велосипед за 70 евро в год, пообедать за 5 евро, да и вообще чувствовать себя молодым и полным энергии.

Университет устраивает мероприятия для студентов-иностранцев, где ректор дает напутственное слово и напоминает что девиз университета: "Dare to think". Есть возможность записаться на бесплатные экскурсии по городу с местными гидами.

Без соцсетей нынче никуда.

В довесок к счету за первый год выдают сумку с бумажным гидом по городу, ручкой, леденцами и прочими мелкими сувенирами.

Каждый факультет проводит отдельные мероприятия для своих международных студентов: кормят обедом, показывают библиотеку и устраивают какие-то игры. В общем подходят с душой.

Учебный год начинается в конце сентября. В летние месяцы город пустует, поскольку основную массу людей на улицах в будни составляют студенты на велосипедах.

Учебный процесс

Я могу сравнивать только с тем, что было доступно в Севастополе в 2008-2012 годах, а учились мы тогда на приборах сталинских времен. Поэтому первое впечатление было довольно благоприятным.

С самого начала студент должен сам составить себе программу. Есть предметы которые обязательны для каждой специальности, но так же можно выбрать дополнительные на свое усмотрение. В моем случае я был еще обязан пройти курсы по молекулярной биологии, химии белков и генетическим технологиям, поскольку не изучал ничего подобного ранее.

Все общение с преподавателями, сдача работ и учебные материалы доступны через сайт Ufora(который является системой Brightspace), либо по электронной почте. Презентации и практические занятия по многим предметам довольно высокого качества.

Присутствие на занятиях не контролируют за исключением работ в лаборатории, например по той же биологии.

Курс с колоритными коллегами

Кампусы университета раскиданы по всему городу, поэтому иногда приходится крутить изо всех сил педали велосипеда чтобы успеть попасть на другой конец города.

По прошествии пары месяцев начинаешь замечать некоторые огрехи. Качество материалов и преподавания очень сильно зависит от преподавателя(наверное как и везде). Некоторые профессоры не идут в ногу со временем и под видом "state of the art" подают технологии которые таковыми не являются. Для тех кто в теме, половина курса по анализу омиксных данных была посвящена различным микрочипам(microarray), а Hi-C, Nanopore и scRNA-seq были упомянуты лишь вскользь. Некоторые преподаватели приходят просто, что называется, "отчитать лекции". Курс молекулярной биологии в Генте был худшим что я когда либо проходил.

Порядок некоторых курсов также иногда вызывает недоумение. Например, базовый курс биостатистики преподается во втором семестре первого года. Тогда как в первом семестре есть курс по статистической геномике, требующий знания… биостатистики. По словам преподавателей, все в курсе этого, каждый год жалуются, но сделать ничего не могут.

Отличительной особенностью является упор на групповые проекты. Группы из 3-5 человек собираются, самоорганизовываются, решают какую-либо задачу и пишут отчет. Такой вид заданий конечно же больше похож на то чем специалисты будут заниматься в реальном мире. Хотя тут нужно сделать оговорку. Ранее я упомянул что в бельгийский вуз может поступить любой с диплом бакалавра. Думаю не сложно догадаться что некоторые из поступивших местных студентов не имеют ни малейшего желания учиться, а лишь числятся студентами. Поэтому если в группе случайным образом окажутся такие "коллеги", то весь групповой проект придется делать самому.

Немного странным кажется то что промежуточные оценки не сообщают. Например, вы сдаете на протяжении семестра 5 групповых работ, и не знаете результата до оглашения результатов экзаменов. С чем это связано я пока что так и не выяснил.

Говоря о самих экзаменах, проводит их сам лектор, зачастую в довольно непринужденной форме. После первой сессии у меня остались приятные впечатления, хоть и сдал я все не на "отлично".

Приятно удивили гостевые лекторы из индустрии. Биоинформатики из местных и международных биотех компаний рассказывали о своей работе, ключевых навыках которые могут преуспеть в профессии, да и вообще о трендах в индустрии. Например, некоторые компании активно начинают использовать Docker, облачные технологии, да и в целом заботятся о том чтобы можно было легко воспроизвести результаты научных исследований.

Близость к индустрии вообще является ключевой особенностью UGent, многие университетские проекты делаются на базе UZ Gent — университетского госпиталя. Таким образом новые методы диагностики сразу используются на поле боя.

Главная проблема на моей специальности это разнородный опыт студентов. К примеру курс "Python for Bioinformatics" оказался просто базовым курсом по питону, на котором я появился один раз в начале и один раз в конце учебного года. Людям без особого опыта программирования этот курс показался очень сложным, не все сдали экзамен с первого раза и отправятся летом на пересдачу. С другой стороны, я иногда теряюсь когда разговор заходит о сложных феноменах молекулярной генетики.

Возрастной состав так же разнообразен. Я оказался даже не самым старшим в свои 28 лет, некоторым студентам — 30. Что интересно, местные практически не общаются с иностранцами. Не могу сказать дело ли в языке, "понаехали" или просто так сложилось.

Ну а как же вирус?

Университеты Фландрии решили перевести обучение в удаленный режим до конца этого семестра. Как будут проходить экзамены еще не ясно.

Семинары — только онлайн

Ранее я уже упоминал что качество материалов сильно зависит от преподавателя. Карантин усугубил проблемы некоторых лекторов, не имеющих хороших и подробных материалов. Некоторые из них, являющиеся учеными с мировым именем в своей области, вообще сказали что-то в духе "учите методичку к экзамену, как провести практические занятия я не знаю...". Хотя казалось бы, биоинформатика позволяет проводить практические занятия удаленно как нельзя проще, достаточно лишь написать инструкции и выложить код на гитхаб. Только сейчас я понял что хороший ученый != хороший учитель.

Для онлайн занятий используется Slack, Microsoft Teams и Skype for Business. К слову, университетская почта завязана на Microsoft аккаунт, да и вообще корпорация под руководством Сатьи Наделлы плотно засела в местной инфраструктуре. Поэтому студенты легально пользуются MS Office, а так же могут бесплатно попробовать Azure. Хотя продавить использование облака в исследованиях продажникам из Microsoft еще не удалось, тут есть свой суперкомпьютер и от существующей инфраструктуры отказываться не спешат.

Заключение

Поскольку я учусь в Генте только первый год, то итог подводить еще рано. Впереди еще магистерская работа, много сложных предметов, да и вообще выбор дальнейшего пути.

Если будет интересно, то смогу подробнее рассказать о задачах и методах биоинформатики.