• ShellBags — Bags, BagMRU. Там в том числе хранится и информация о доступе к папкам, включая дату-время, для сохранения и восстановления их с настройками пользователя (размер окна проводника, выбор отображения «список\эскизы» и т.п.).
• OpenSavePidlMRU. История диалогов «открыть, сохранить».
• MUICache. История запущенных ранее программ для списка кнопки «Пуск».
• Uninstall. Хранится информация для деинсталляции инсталлированных программ. Спасибо КЭП — не за что, всегда рад помочь. Удалять ее, понятное дело, нельзя (спасибо еще раз). Содержит и дату-время установки программы.
• MountedDevices. История смонтированных (в том числе и криптованных) дисков.

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\bam\UserSettings\<SID пользователя>

KEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\MountedDevices
HKEY_USERS\<SID пользователя>\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MountPoints2

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\RADAR\HeapLeakDetection\DiagnosedApplications

• Папка Prefetch каталога Windows. Ну, тут лучше Вики вряд ли скажешь. Там же есть еще и базы данных другого оптимизатора — SuperFetch (файлы, типа AgAppLaunch.db). Формат их, как я понял, народу пока не ясен, мне тоже не особо, но при просмотре в hex-редакторе пути к приложениям просматриваются.
• Файл
  
  

  C:\Windows\inf\setupapi.dev.log

  
  Инофрмация о подключениях устройств, сетевых интерфейсов и не только.
• Папки проводника со списком переходов (aka Jump list). Данные хранятся по пути типа:
  
  

  с:\Users\User\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Recent

• Папка (см. реестр — AppCompatCache)
  
  

  C:\Windows\appcompat\Programs

• Папка
  
  

  C:\Windows\Panther

  
  Тут хранится информация для отката, если вы обновляли версию Windows

HKEY_USERS\<SID пользователя>\Software

• Научная статья: Некоторые особенности судебно-экспертного исследования реестра Windows (очень рекомендую, в т.ч. и пользователям)
• Статьи на ForensicFocus (анг.)
• SANS Digital Forensics (анг.)
• Литература:
• «Внутреннее устройство Windows», Руссинович Марк, 7-е издание
• «Криминалистический анализ файловых систем», Кэрриэ Брайан
• «Криминалистическое исследование Windows», Карви Харлэн
• «Форензика — компьютерная криминалистика», Федотов Н.Н.
• На Habr, о профессиональных средствах форензики:
• Средства сбора данных в компьютерно-технической экспертизе
• Подборка бесплатных утилит компьютерной криминалистики
• Для программистов:
• Парсинг ряда форматов forensic-данных на C# можно попробовать посмотреть тут: EricZimmerman github
• Почитать о прасинге ShellBag можно тут

[All Prefetch]
Section=Windows10
Default=False
FileKey1=%WinDir%\Prefetch|*.pf;*.db;*.fx;*.7db;*.ini;*.ebd;*.bin|RECURSE

[AppCompatFlags Layer]
Section=Windows10
Default=False
RegKey1=HKCU\.DEFAULT\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Layers

[Explorer RunMRU]
Section=Windows10
Default=True
RegKey1=HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU

[OpenSaveFilesView]
Section=Windows10
Default=True
RegKey1=HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\FirstFolder
RegKey2=HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\FirstFolder
RegKey3=HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\LastVisitedPidlMRULegacy
RegKey4=HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\OpenSavePidlMRU

[UserAssist]
Section=Windows10
Default=True
RegKey1=HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\UserAssist

[DiagnosedApplications]
Section=Windows10
Default=False
RegKey1=HKLM\SOFTWARE\Microsoft\RADAR\HeapLeakDetection\DiagnosedApplications

[BAM]
Section=Windows10
Default=True
RegKey1=HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\bam\UserSettings\.DEFAULT
RegKey2=HKLM\SYSTEM\ControlSet001\Services\bam\UserSettings\.DEFAULT

[MountedDevices]
Section=Windows10
Default=True
RegKey1=HKLM\SYSTEM\MountedDevices
RegKey2=HKU\.DEFAULT\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MountPoints2

[Panther]
Section=Windows10
Default=True
FileKey1=%WinDir%\Panther|*.*|RECURSE

[Minidump]
Section=Windows10
Default=True
FileKey1=%WinDir%\Minidump|*.*

REM Last-ик ActivityView. Очистка журналов Windows

@ECHO OFF

REM Надеюсь, сохранить файл в кодировке DOS-866 не забыли
CHCP 866

COLOR A

CLS

REM ----------------------------------------------------------------------------------------
REM Проверка на наличие прав администратора 
FOR /F "tokens=1,2*" %%V IN ('bcdedit') DO SET adminTest=%%V
	IF (%adminTest%)==(Отказано) GOTO errNoAdmin
	IF (%adminTest%)==(Access) GOTO errNoAdmin
REM ----------------------------------------------------------------------------------------

ECHO Нажимте 1 для очистки журналов или ENTER для выхода
ECHO.
SET /p doset="Выберите действие: " 
ECHO.
REM ----------------------------------------------------------------------------------------

REM ----------------------------------------------------------------------------------------
REM Проверка выбора пользователя. Если не 1 - выход
IF %doset% NEQ 1 EXIT

REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM Очистка всех журналов Windows. Следует проводить вначале, до запуска CCleaner, чтоб в логах не осталось вызовов wevtutil

ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ВСЕХ ЖУРНАЛОВ Windows
FOR /F "tokens=*" %%G in ('wevtutil.exe el') DO (call :do_clear "%%G")
ECHO.
ECHO Выполнено
ECHO.

REM ------------------------------------------------------------------------------------------

PAUSE
EXIT

:do_clear
ECHO Очистка журнала %1
wevtutil.exe cl %1
GOTO :eof

:errNoAdmin
COLOR 4
ECHO Необходимо запустить этот скрипт от имени администратора
ECHO.
PAUSE

REM Last-ик ActivityView. Версия 1 Alpha

@ECHO OFF

REM Надеюсь, сохранить файл в кодировке DOS-866 не забыли
CHCP 866

REM Зеленый на черном - интригующе... опять же, хакеры и все такое
COLOR A

CLS


REM ----------------------------------------------------------------------------------------
REM Проверка на наличие прав администратора 
FOR /F "tokens=1,2*" %%V IN ('bcdedit') DO SET adminTest=%%V
	IF (%adminTest%)==(Отказано) GOTO errNoAdmin
	IF (%adminTest%)==(Access) GOTO errNoAdmin
REM ----------------------------------------------------------------------------------------


REM !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

REM При выборе пункта 1 ничего особо плохого произойти, для пользователя, не должно.
REM Но будут удалены сохраненные данные о размерах окон папок в проводнике и настройки их вида (список\эскизы и т.д.)

REM При выборе п.п. 2-3
REM 1. При первой перезагрузке чуть-чуть замедлится запуск Windows т.е. первый, после нее, запуск некоторых программ (в т.ч. в автозагрузке)
REM    из-за удаления файлов оптимизации запуска Prefetch и SuperFetch
REM 2. Будет удалена информация о запуске программ в режиме совместимости или о запуске от имени администратора
REM    но это - если пользователь такое назначал для чего-то и восстанавливается назначением этого заново
REM    или найдите и уберите из скрипта удаление данных из ...AppCompatFlags\Layers
REM 3. Будет удалена накопленная до этого момента информация о производительности и ошибках
REM    но, если в текущий момент с компом все нормально и его не надо "анализировать и чинить", то тоже ничего страшного

REM !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

REM ----------------------------------------------------------------------------------------
REM Меню выбора пользователя

ECHO.
ECHO Не обязательно!
ECHO но желательно закрыть все программы и данный файл, если он открыт в текстовом редакторе, а после завершения - перезагрузиться
ECHO.
ECHO.

REM Часть информации останется, и будет таки отображаться в утилитах NirSoft
ECHO 1 - Очистка основных логов в реестре

REM Удалить все, что удалось найти. 
REM (почти вся информация из утилит NirSoft пропадет)
REM При этом:
REM 1. Немного замедлится следующая загрузка ПК и первый, после нее, запуск некоторых программ (из-за удаления Perfect и SuperFetch)
REM 2. Удалятся сведения о ранее возникших ошибках (Minidump)
REM 3. В меню "Пуск" очистится список ранее запущенных программ
REM 4. Будет очищен список тех программ, для которых пользователь задал "запускать в режиме совместимости или от имени администратора". 
REM	  (надо будет задавать для них совместимость заново)
ECHO 2 - Очистка всех логов в реестре, файлов Perfect и Minidump

REM См. п.2 + сотрутся ранее записанные данные журналов Windows
ECHO 3 - Очистка всех логов, файлов Perfect и журналов Windows

ECHO или нажмите ENTER для выхода
ECHO.
SET /p doset="Выберите действие: " 
ECHO.
REM ----------------------------------------------------------------------------------------


REM ----------------------------------------------------------------------------------------
REM Проверка выбора пользователя. Если не 1 и не 2 и не 3 - выход
IF %doset% NEQ 1 (
	IF %doset% NEQ 2 (
		IF %doset% NEQ 3 EXIT
	)
)
REM ----------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM Очистка всех журналов Windows, если пользователь выбрал в меню 3. Проводим вначале, чтоб в логах не осталось вызовов wevtutil
REM утилиты NirSoft - LastActivityView
IF %doset% EQU 3 (
	ECHO.
	ECHO ОЧИСТКА ВСЕХ ЖУРНАЛОВ Windows
	FOR /F "tokens=*" %%G in ('wevtutil.exe el') DO (call :do_clear "%%G")
	ECHO.
	ECHO Выполнено
	ECHO.
)
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM ShellBag. История запуска приложений и доступа к папкам, связанная с "оболочкой"
REM утилиты NirSoft - LastActivityView, ExecutedProgramsList, ShellBagsView
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ ShellBag - реестр
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\MuiCache" /va /f
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\BagMRU" /f
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags" /f
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\Shell\BagMRU" /f
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\Shell\Bags" /f
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM Explorer. История запуска приложений связанная с "Проводником"
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ Explorer - реестр
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU" /va /f
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM ComDlg32. История диалогов "открыть\сохранить" и "последних мест посещений"
REM утилиты NirSoft - LastActivityView
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ OpenSave и LastVisited - реестр
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\FirstFolder" /va /f
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\LastVisitedPidlMRU" /va /f
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\LastVisitedPidlMRULegacy" /va /f
REM (утилиты NirSoft - OpenSaveFilesView)
REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\OpenSavePidlMRU" /f
REG ADD "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ComDlg32\OpenSavePidlMRU"
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM если пользователь выбрал в меню не 1 т.е. 2 или 3
IF %doset% NEQ 1 (	
	REM UserAssist. Очистка списока запущенных программ в меню "Пуск"
	REM утилиты NirSoft - UserAssistView
	ECHO.	
	ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ UserAssist - реестр
	REG DELETE "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\UserAssist" /f
	REG ADD "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\UserAssist"
	ECHO.
)


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM AppCompatCache
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ AppCompatCache - реестр
REG DELETE "HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\AppCompatCache" /va /f
REG DELETE "HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\Control\Session Manager\AppCompatCache" /va /f
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM DiagnosedApplications. Диагностика утечек памяти в приложении ОС Windows
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ DiagnosedApplications - реестр
REG DELETE "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\RADAR\HeapLeakDetection\DiagnosedApplications" /f
REG ADD "HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\RADAR\HeapLeakDetection\DiagnosedApplications"
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM Получение SID - идентификатор безопасности текущего пользователя 
FOR /F "tokens=2" %%i IN ('whoami /user /fo table /nh') DO SET usersid=%%i
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM Search. История поиска 
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ Search - реестр
	REG DELETE "HKEY_USERS\%usersid%\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Search\RecentApps" /f
	REG ADD "HKEY_USERS\%usersid%\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Search\RecentApps"
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM BAM. 
REM По идее, при перезагрузке затрется само.  
REM Но можно сделать отдельный bat и запускать, например, после работы с portable-приложениями
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ службы Background Activity Moderator - реестр
REG DELETE "HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\bam\UserSettings\%usersid%" /va /f
REG DELETE "HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\Services\bam\UserSettings\%usersid%" /va /f
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM AppCompatFlags
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ AppCompatFlags - реестр
REM утилиты NirSoft - ExecutedProgramsList
REG DELETE "HKEY_USERS\%usersid%\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Compatibility Assistant\Store" /va /f

REM если пользователь выбрал в меню не 1 т.е. 2 или 3
IF %doset% NEQ 1 (
	REM Список программ, для которых задан "режим совместимости" или "запускать от имен администратора"
	REM утилиты NirSoft - AppCompatibilityView
	REG DELETE  "HKEY_USERS\%usersid%\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\AppCompatFlags\Layers" /va /f
)
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM История "монтирования" дисков в т.ч. и TrueCrypt
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ MountedDevices - реестр
ECHO.
REG DELETE "HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\MountedDevices" /va /f
REG DELETE "HKEY_USERS\%usersid%\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MountPoints2" /f
REG ADD "HKEY_USERS\%usersid%\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MountPoints2"
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
REM Очистка списков быстрого перехода
ECHO.
REM утилиты NirSoft - JumpListsView, RecentFilesView
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ Recent - файловая система
DEL /f /q %APPDATA%\Microsoft\Windows\Recent\*.*
DEL /f /q %APPDATA%\Microsoft\Windows\Recent\CustomDestinations\*.*
DEL /f /q %APPDATA%\Microsoft\Windows\Recent\AutomaticDestinations\*.*
ECHO Выполнено
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------

REM ------------------------------------------------------------------------------------------
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ Panther - файловая система
DEL /f /q %systemroot%\Panther\*.*
ECHO Выполнено
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------

REM ------------------------------------------------------------------------------------------
ECHO.
ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ AppCompat - файловая система
DEL /f /q %systemroot%\appcompat\Programs\*.txt
DEL /f /q %systemroot%\appcompat\Programs\*.xml
DEL /f /q %systemroot%\appcompat\Programs\Install\*.txt
DEL /f /q %systemroot%\appcompat\Programs\Install\*.xml
ECHO Выполнено
ECHO.
REM ----


REM ------------------------------------------------------------------------------------------
IF %doset% NEQ 1 (
	ECHO.
	REM Prefetch. Удаление файлов, оптимизирующих запуск приложений. Windows в следующий раз загрузится медленнее
	REM утилиты NirSoft - LastActivityView, ExecutedProgramsList
	ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ Prefetch - файловая система
	DEL /f /q %systemroot%\Prefetch\*.pf
	DEL /f /q %systemroot%\Prefetch\*.ini
	DEL /f /q %systemroot%\Prefetch\*.7db
	DEL /f /q %systemroot%\Prefetch\*.ebd
	DEL /f /q %systemroot%\Prefetch\*.bin
	REM SuperFetch. Удаление баз оптимизации SuperFetch
	DEL /f /q %systemroot%\Prefetch\*.db
	REM Trace. Удаление файлов трассировки
	DEL /f /q %systemroot%\Prefetch\ReadyBoot\*.fx
	ECHO Выполнено
	ECHO.

	ECHO.
	ECHO ОЧИСТКА ИСТОРИИ Minidump - файловая система
	REM Удаление дампов ошибок
	REM утилиты NirSoft - LastActivityView
	DEL /f /q %systemroot%\Minidump\*.*
	ECHO Выполнено
)
ECHO.
REM ------------------------------------------------------------------------------------------


PAUSE
EXIT

:do_clear
ECHO Очистка журнала %1
wevtutil.exe cl %1
GOTO :eof

:errNoAdmin
COLOR 4
ECHO Необходимо запустить этот скрипт от имени администратора
ECHO.
PAUSE