В ходе изучения болотных микроорганизмов американские исследователи обнаружили загадочные внехромосомные молекулы ДНК. Их нельзя отнести ни к одному из существующих типов архей, бактерий или вирусов. Известно, что они обладают целым набором генов для усиления метаболизма архей, окисляющих метан, и на порядки больше похожих на них плазмид и вирусов.

Необычная находка учёных представляет из себя крупные фрагменты внехромосомных ДНК архей, которые взаимодействуют с археями Methanoperedens. Эти археи в бескислородной среде питаются метаном, и фрагменты, как предполагают исследователи, ускоряют этот процесс. Благодаря способности модифицировать гены других организмов авторы исследования назвали их «борги» в честь псевдо-расы киборгов из вселенной «Звёздного Пути». 

Благодаря секвенированию ДНК, полученных из образцов почвы, авторы собрали 19 вариантов и структурировали четыре полных генома «боргов». Чаще всего «борги» встречались в глубоких бедных кислородом почвах и иногда превышали популяции Methanoperedens (до восьми раз), но последовательной связи между их концентрациями обнаружено не было. При этом у «боргов» и Methanoperedens есть общие белки, что может указывать на их единое происхождение.

Генетический анализ «боргов» показал высокую концентрацию фермента гликозилтрансферазы, участвующей в изменении ДНК и РНК и транспортировке моносахаридов. Также учёные нашли много мембранных белков неизвестной функции, оперон nifHDK для фиксации азота, гены для синтеза полигидроксиалканоатов (чтобы получать углерод в условиях дефицита ресурсов), гены устойчивости к теллуру и другие вариации. 

«Борги» обладают комплексом генов, благодаря которым он могут активно участвовать в окислительно-восстановительных реакциях, связанных с Methanoperedens. В частности, «борги» ускоряют окисление метана археями. Этот механизм интересен не только экологам (для контроля выбросов метана в атмосферу), но и биоинженерам. Если исследователи разберутся, каким образом «борги» меняют свойства архей, эту технологию можно будет применить для манипуляции метаболизмом других архей или даже бактерий и вирусов. 

Исследователи пока не знают, откуда появились «борги» и кем на самом деле они являются. Возможно, это гигантские плазмиды или вирусы, на порядки больше, чем у известных типов архей. Благодаря своим размерам они могут переносить намного больше генетического материала для обмена с другими археями. Это также могут быть вспомогательные внеклеточные хромосомы или живые примеры того, как выглядели хромосомы миллионы лет назад.

В будущих исследованиях учёные планируют добыть больше «боргов» и изучить их загадочную структуру. Авторы предполагают, что их находка может привести к открытию новых механизмов для неизвестных науке процессов клеточного взаимодействия.  

Статья авторов пока не прошла рецензирование. Она выложена в открытый доступ на сайте bioRxiv — «Borgs are giant extrachromosomal elements with the potential to augment methane oxidation» DOI: 10.1101/2021.07.10.451761.

Комментарии (9)


  1. dmitrymyl
    15.07.2021 23:44

    Судя по некоторым синтаксическим несостыковкам и непривычному употреблению слов эта новость есть перевод на русский язык некой заметки об этой публикации. Очень хотелось бы её прочитать в оригинале.

    А вот ни в препринте статьи, ни в статье на Vice нигде не сказано, что эти борги внеклеточные, наоборот, пишут, что это внехромосомные генетические элементы: скорее всего, внутриклеточные, а если внеклеточные, то, по всей видимости, это большие вирусы. Так что как минимум одна грубая ошибка.

    или живые примеры того, как выглядели человеческие хромосомы миллионы лет назад.

    Это вообще смешно и небиологично (и не было ни в препринте, ни в анонсе на Vice). Во-первых, род Homo появился примерно 4 млн лет назад (никак не миллионы), а Homo sapiens так вообще всего лишь 0.8 - 0.3 mya. Во-вторых, даже тогда человеческие хромосомы были похожи на нынешние (ну или на шимпанзе, например), они в десятки-сотни раз длиннее этих боргов. И в-третьих, нашли с чем сравнивать: человек настолько далёк от этих архей, что сравнивать надо не с ними, а с другими приматами.


    1. ntmy
      16.07.2021 00:33
      +2

      Полагаю, имелось в виду предки хромосом вообще, в том числе и человеческих. Также для тех кто не знает, что в людях есть хромосомы - это важное уточнение.


      1. dmitrymyl
        16.07.2021 10:50

        И это тоже неверно. Род архей Methanoperedens относится к филуму Euryarchaeota, а эукариоты (к которым относится и человек) родственны археям филума Lokiarchaeota из группы Asgard. Если и искать неких "предков" хромосом эукариот, то именно в локиархеях. Вообще, сейчас популярны две гипотезы происхождения ядра эукариот (inside out и вирусная), в обеих нигде не играет никакую роль любые внехромосомные генетические элементы (разве что вирусы в вирусной гипотезе).


        1. ntmy
          17.07.2021 17:01

          Предположение о том, что борги - это предкие хромосом тоже может называться гипотезой. Не вижу в появлении новой гипотезы ничего плохого.

          В статье нет привязки к какому-то виду в роли предка, может и Lokiarchaeota, может ещё что предположат для этой роли. Не думаю, что это важно на этой стадии.


    1. ancotir Автор
      16.07.2021 00:58

      Спасибо за замечания! По поводу внеклеточных — плазмиды также могут существовать вне клеток, как и вирусы. Но всё равно везде исправила на внехромосомные, конечно.

      При написании не использовала других источников, кроме указанных Вами. Про это вообще нигде не писали кроме Vice и bioRxiv. Возможно, конечно, сейчас уже что-то появилось.


  1. alecv
    15.07.2021 23:59
    +4

    Скорее уж тогда не "борги" а "мидихлорианы" :)


  1. ntmy
    16.07.2021 00:29
    +1

    В контексте безопасности ГМО, был бы интересен анализ возможных побочных последствий генных модификаций на эти сущности, о существовании которых только что узнали.


  1. alex-khv
    16.07.2021 02:07

    У вирусов есть метаболизм ?


    1. ntmy
      17.07.2021 17:07

      Если посмотреть с точки зреня вируса, то в благоприятных условиях (в зараженной клетке) он синтезирует свои биомолекулы используя ресурсы среды. -)