<dependencies>
    <!-- Spring Boot starter -->
    <dependency>
        <groupId>org.springframework.boot</groupId>
        <artifactId>spring-boot-starter</artifactId>
    </dependency>

    <!-- Spring Boot JPA - для работы с БД, очевидно -->
    <dependency>
        <groupId>org.springframework.boot</groupId>
        <artifactId>spring-boot-starter-data-jpa</artifactId>
    </dependency>

    <!-- H2 БД -->
    <dependency>
        <groupId>com.h2database</groupId>
        <artifactId>h2</artifactId>
        <scope>runtime</scope>
    </dependency>

    <!-- Тесты -->
    <dependency>
        <groupId>org.springframework.boot</groupId>
        <artifactId>spring-boot-starter-test</artifactId>
        <scope>test</scope>
    </dependency>
</dependencies>

# Параметры UI
ui.title = Spring Boot - JavaFX

# JMX нам не нужен, а его отключение позволит ускорить запуск
spring.jmx.enabled=false

# Настройки подключения к БД и JPA
spring.datasource.test-on-borrow=true
spring.datasource.validation-query=SELECT 1
spring.jpa.show-sql=true
spring.jpa.hibernate.ddl-auto=create

package ru.habrahabr;

import javafx.application.Application;
import org.springframework.boot.SpringApplication;
import org.springframework.context.ConfigurableApplicationContext;

public abstract class AbstractJavaFxApplicationSupport extends Application {

    private static String[] savedArgs;

    protected ConfigurableApplicationContext context;

    @Override
    public void init() throws Exception {
        context = SpringApplication.run(getClass(), savedArgs);
        context.getAutowireCapableBeanFactory().autowireBean(this);
    }

    @Override
    public void stop() throws Exception {
        super.stop();
        context.close();
    }

    protected static void launchApp(Class<? extends AbstractJavaFxApplicationSupport> clazz, String[] args) {
        AbstractJavaFxApplicationSupport.savedArgs = args;
        Application.launch(clazz, args);
    }
}

@Lazy
@SpringBootApplication
public class Application extends AbstractJavaFxApplicationSupport {

    @Value("${ui.title:JavaFX приложение}")//
    private String windowTitle;

    @Autowired
    private ControllersConfig.View view;

    @Override
    public void start(Stage stage) throws Exception {
        stage.setTitle(windowTitle);
        stage.setScene(new Scene(view.getParent()));
        stage.setResizable(true);
        stage.centerOnScreen();
        stage.show();
    }

    public static void main(String[] args) {
        launchApp(Application.class, args);
    }

}

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<?import javafx.geometry.Insets?>
<?import javafx.scene.control.*?>
<?import javafx.scene.layout.*?>
<AnchorPane maxHeight="-Infinity" maxWidth="-Infinity" minHeight="-Infinity" minWidth="-Infinity" prefHeight="284.0" prefWidth="405.0" xmlns="http://javafx.com/javafx/8" xmlns:fx="http://javafx.com/fxml/1" fx:controller="ru.habrahabr.ui.MainController">
   <children>
      <TableView fx:id="table" editable="true" prefHeight="200.0" prefWidth="405.0" tableMenuButtonVisible="true" AnchorPane.bottomAnchor="50.0" AnchorPane.leftAnchor="0.0" AnchorPane.rightAnchor="0.0" AnchorPane.topAnchor="0.0">
          <columnResizePolicy><TableView fx:constant="CONSTRAINED_RESIZE_POLICY" /></columnResizePolicy>
      </TableView>
      <HBox alignment="CENTER" layoutX="21.0" layoutY="207.0" prefHeight="50.0" prefWidth="300.0" AnchorPane.bottomAnchor="0.0" AnchorPane.leftAnchor="10.0" AnchorPane.rightAnchor="10.0">
         <children>
            <TextField fx:id="txtName" promptText="Имя">
               <HBox.margin>
                  <Insets right="3.0" />
               </HBox.margin>
            </TextField>
            <TextField fx:id="txtPhone" promptText="Телефон">
               <HBox.margin>
                  <Insets right="3.0" />
               </HBox.margin>
            </TextField>
            <TextField fx:id="txtEmail" promptText="E-mail">
               <HBox.margin>
                  <Insets right="3.0" />
               </HBox.margin>
            </TextField>
            <Button minWidth="-Infinity" mnemonicParsing="false" onAction="#addContact" text="Добавить" />
         </children>
      </HBox>
   </children>
</AnchorPane>

package ru.habrahabr.ui;

import javafx.collections.FXCollections;
import javafx.collections.ObservableList;
import javafx.fxml.FXML;
import javafx.scene.control.TableColumn;
import javafx.scene.control.TableView;
import javafx.scene.control.TextField;
import javafx.scene.control.cell.PropertyValueFactory;
import org.slf4j.Logger;
import org.slf4j.LoggerFactory;
import org.springframework.beans.factory.annotation.Autowired;
import ru.habrahabr.entity.Contact;
import ru.habrahabr.service.ContactService;

import javax.annotation.PostConstruct;
import java.util.List;

public class MainController {

    // Инъекции Spring
    @Autowired private ContactService contactService;

    // Инъекции JavaFX
    @FXML private TableView<Contact> table;
    @FXML private TextField txtName;
    @FXML private TextField txtPhone;
    @FXML private TextField txtEmail;

    // Переменные
    private ObservableList<Contact> data;

    /**
     * Инициализация контроллера от JavaFX.
     * Метод вызывается после того как FXML загрузчик произвел инъекции полей.
     *
     * Обратите внимание, что имя метода <b>обязательно</b> должно быть "initialize",
     * в противном случае, метод не вызовется.
     *
     * Также на этом этапе еще отсутствуют бины спринга
     * и для инициализации лучше использовать метод,
     * описанный аннотацией @PostConstruct.
     * Который вызовется спрингом, после того, 
     * как им будут произведены все оставшиеся инъекции.
     * {@link MainController#init()}
     */
    @FXML
    public void initialize() {
    }

    /**
     * На этом этапе уже произведены все возможные инъекции.
     */
    @PostConstruct
    public void init() {
        List<Contact> contacts = contactService.findAll();
        data = FXCollections.observableArrayList(contacts);

        // Добавляем столбцы к таблице
        TableColumn<Contact, String> idColumn = new TableColumn<>("ID");
        idColumn.setCellValueFactory(new PropertyValueFactory<>("id"));

        TableColumn<Contact, String> nameColumn = new TableColumn<>("Имя");
        nameColumn.setCellValueFactory(new PropertyValueFactory<>("name"));

        TableColumn<Contact, String> phoneColumn = new TableColumn<>("Телефон");
        phoneColumn.setCellValueFactory(new PropertyValueFactory<>("phone"));

        TableColumn<Contact, String> emailColumn = new TableColumn<>("E-mail");
        emailColumn.setCellValueFactory(new PropertyValueFactory<>("email"));

        table.getColumns().setAll(idColumn, nameColumn, phoneColumn, emailColumn);

        // Добавляем данные в таблицу
        table.setItems(data);
    }

    /**
     * Метод, вызываемый при нажатии на кнопку "Добавить".
     * Привязан к кнопке в FXML файле представления.
     */
    @FXML
    public void addContact() {
        Contact contact = new Contact(txtName.getText(), txtPhone.getText(), txtEmail.getText());
        contactService.save(contact);
        data.add(contact);

        // чистим поля
        txtName.setText("");
        txtPhone.setText("");
        txtEmail.setText("");
    }
}

@Configuration
public class ConfigurationControllers {

    @Bean(name = "mainView")
    public View getMainView() throws IOException {
        return loadView("fxml/main.fxml");
    }

    /**
     * Именно благодаря этому методу мы добавили контроллер в контекст спринга,
     * и заставили его произвести все необходимые инъекции.
     */
    @Bean
    public MainController getMainController() throws IOException {
        return (MainController) getMainView().getController();
    }

    /**
     * Самый обыкновенный способ использовать FXML загрузчик.
     * Как раз-таки на этом этапе будет создан объект-контроллер,
     * произведены все FXML инъекции и вызван метод инициализации контроллера.
     */
    protected View loadView(String url) throws IOException {
        InputStream fxmlStream = null;
        try {
            fxmlStream = getClass().getClassLoader().getResourceAsStream(url);
            FXMLLoader loader = new FXMLLoader();
            loader.load(fxmlStream);
            return new View(loader.getRoot(), loader.getController());
        } finally {
            if (fxmlStream != null) {
                fxmlStream.close();
            }
        }
    }

    /**
     * Класс - оболочка: контроллер мы обязаны указать в качестве бина,
     * а view - представление, нам предстоит использовать в точке входа {@link Application}.
     */
    public class View {
        private Parent view;
        private Object controller;

        public View(Parent view, Object controller) {
            this.view = view;
            this.controller = controller;
        }

        public Parent getView() {
            return view;
        }

        public void setView(Parent view) {
            this.view = view;
        }

        public Object getController() {
            return controller;
        }

        public void setController(Object controller) {
            this.controller = controller;
        }
    }

}