Если ты – молоток, то во всём увидишь гвоздь
Это всего лишь размышления программиста о ДНК. Я не являюсь молекулярным генетиком.
Исходный код
Находится здесь. Это не шутка. Исходники можно просмотреть с использованием замечательного набора скриптов Perl под названием "Ensembl". Геном человека занимает приблизительно 3 гигабайта, которые можно сократить до 750 мегабайт, если отбросить шелуху. Немного печалит, что это всего лишь 2.8 браузеров Mozilla Firefox.
ДНК похожа скорее не на исходники на языке C, а на байт-код для виртуальной машины под названием «ядро клетки». Крайне сомнительно, что существуют исходники, которые можно скомпилировать в этот байт-код: то, что мы видим, – это всё, что у нас есть.
Язык ДНК является цифровым, но не двоичным. Двоичный код использует 0 и 1 (поэтому его и называют бинарным), ДНК же использует 4 значения: T, C, G и A.В то время как двоичный байт состоит в основном из 8 двоичных цифр, ДНК-«байт» (именуемый кодо?ном) содержит 3 символа. И так как каждый символ может иметь одно из четырёх значений, кодон ДНК имеет 64 возможных значения, в отличии от 256 значений двоичного байта.
Типичный пример кодона ДНК — это «GCC», который кодирует аминокислоту Аланин. Соединение большого числа этих аминокислот называется полипептидом или белком, и является химически активной составляющей всего живого. Подробнее о кодонах.
Позиционно-независимый код
Код динамически подключаемых библиотек (.so в системах Unix, .dll в Windows) не может внутри себя использовать статические адреса, так как этот код может быть расположен в разных частях памяти в разных ситуациях. ДНК так же имеет подобную функцию, называемую «транспозирование кода»:
Почти половина генома человека состоит из транспозируемых (или «подвижных») генетических элементов. Эти элементы впервые были обнаружены в 1940-х годах доктором Барбарой МакКлинток (Barbara McClintock) при изучении своеобразных схем наследования, найденых в цветах индийской кукурузы. Идея подвижного ДНК заключается в том, что некоторые участки являются нестабильными и «транспозируемыми», то есть они могут перемещаться – внутри и между хромосомами.
Условная компиляция
Большинство клеток используют только крайне малую долю из предполагаемых 20000-30000 генов человеческого генома, – что является разумным, ведь клетка печени не нуждается в ДНК-коде, составляющем нейроны.
Но ввиду того, что все клетки содержат в себе полную копию («дистрибутив») генома, необходима система, которая позволит пометить
#ifdef ненужные вещи. И именно так всё и работает. Генетический код кишит директивами #if/#endif.Именно поэтому "стволовые клетки" сейчас так популярны – этот вид клеток обладает способностью превращаться во что угодно. Код ещё не за
#ifdefен, так сказать.Выражаясь более точно, в стволовых клетках не включено всё подряд – они не являются одновременно и клетками печени, и нейронами. Клетки могут быть представлены в виде конечного автомата, начинающегося из состояния стволовой клетки. В ходе жизненного цикла клетки, во время которого она может делиться (
fork()) множество раз, она специализируется. Каждая специализация может рассматриваться как выбор ветки в дереве.Каждая клетка может принять (или быть побуждённой к принятию) решение о своём будущем, каждое из таких решений делают её более специализированной. Эти решения сохраняются при делении с использованием факторов транскрипции и модификации пространственного способа хранения ДНК (стерические эффекты).
Клетка печени в общем случае не может функционировать в качестве клетки кожного покрова, несмотря на то, что она содержит в себе все необходимые генетические инструкции для этого. Тем не менее, существуют признаки того, что клетки можно «вывести» вверх по иерархии, сделав их плюрипотентными.
Эпигенетика и импринтинг: патчи во время выполнения
Несмотря на то, что полноценные изменения ДНК в организме крайне редко происходят в пределах одного поколения, существенные поправки вносятся путём активации или деактивации частей нашего генома без изменения самого кода.
Если проводить аналогию, это подобно ядру Linux, которое во время загрузки обнаруживает процессор, на котором оно запущено, и отключает части своего двоичного кода в случае (к примеру), если оно запущено на однопроцессорной системе. Это не просто что-то вроде
if (numcpus > 1), этот код по-настоящему заменяется nop-ами. Крайне важно, что nop-ирование происходит в памяти, а не в образе на диске.Похожим образом, по мере развития эмбриона в утробе матери, его ДНК существенно редактируется для снижения скорости его роста и размера плаценты. Таким способом балансируются противоположные интересы отца («большой сильный ребёнок») и матери («пережить беременность»). Подобный «импринтинг» может происходить только внутри матери, так как геном отца не имеет представления о размерах матери.
С недавних пор также стало ясно, что метаболический статус родителей влияет на вероятность продолжительной жизни, возникновения рака и диабета у их внуков, что достаточно логично, ведь выживание в бедном пищей климате может потребовать совершенно иной метаболической стратегии в сравнении с жизнью в среде еды предостаточно.
Механизмы, стоящие за эпигенетикой и импринтингом, – «метилирование» – присоединяют группы метила к ДНК для переключения статуса активации отдельных участков, а также модификация гистонов, которая может свернуть участки ДНК, что приводит к деактивации этих участков.
Некоторые из этих правок ДНК являются наследуемыми и передаются потомству, другие формы воздействуют только на отдельное животное.
Эта область науки всё ещё быстро развивается, и может так оказаться, что наши ДНК гораздо более динамичны, чем мы думали.
«Мёртвый» код, раздутый код, комментарии (мусор в ДНК)
Геном засорён старыми копиями генов и неудачных экспериментов в в недалёком прошлом (около полумиллиона лет назад). Этот код всё ещё в ДНК, но неактивен. Его называют «псевдогенами».Более того, 97% вашего ДНК закомментировано. ДНК линейна и читается от начала до конца. Те участки, которые не нужно декодировать, отчётливо помечены, совсем как комментарии в C. Остальные 3%, которые используются по прямому предназначению, образуют так называемые «экзоны». Комментарии, которые расположены «между» называются «интронами».
Эти комментарии очаровательны по-своему. Как и комментарии C, они имеют маркеры начала (наподобие
/*) и маркеры окончания (*/). Но они имеют более сложную структуру. Ведь, как вы помните, ДНК похожа на ленту, соответственно, комментарии нужно вырезать физически! Начало комментария практически всегда указывается буквами «GT», что можно сопоставить с /*, окончание обозначается символами «AG», которые, соответственно, аналогичны */.Однако, из-за последующего разрезания, требуется некий клей, которым будут соединены код перед комментарием с кодом после комментария, что делает эти комментарии больше похожими на комментарии в HTML, которые несколько длиннее: – конец.
Так что, на самом деле промежуток ДНК с экзонами и интригами может выглядеть примерно так:
настоящий код<!-- бла бла бла бла ---- бла -->настоящий код
| | | | | |
экзон 1 донор* интрон 1 ветвь акцептор** экзон 2
* начало комментария
** окончание комментария
С началом комментария всё просто, за ним следует огромный объём некодирущей ДНК. Где-нибудь недалеко от окончания комментария находится участок ветвления, который означает, что комментарий скоро закончится. После него идёт ещё немного комментария, и затем настоящий ограничитель комментария.
Непосредственно вырезание комментариев происходит после того, как ДНК транскрибируется в РНК и выполняется путём скручивания комментариев в петлю и совмещения таким образом кусков настоящего кода. После этого РНК обрезается на участках ветвления около окончания комментария, затем «донор» (начало комментария) и «акцептор» (окончание) связываются друг с другом.
Так для чего же нужны эти комментарии? Эта тема для холивара силы сопоставимой с противостоянием vim/emacs. При сравнении разных видов, мы узнаём, что некоторые интроны содержат меньше различий в коде, чем соседствующие экзоны. Это наталкивает на мысль, что комментарии выполняют некую важную функцию.
Существует множество вероятных объяснений существования огромного количества некодирующей ДНК – одно из которых, наиболее привлекательное (для программиста), затрагивает «сворачивание» (folding propensity). ДНК должно храниться в сильно свёрнутой форме, но не все коды в ДНК справляются с этим в полной мере.
Отчасти это может напоминать RLL- или MFM-кодирование. На жёстком диске биты кодируются наличием или отсутствием инверсии полярности. При наивном способе кодирования мы записали бы 0 как «нет инверсии» и 1 как «инверсия».
Закодировать последовательность 000000 при таком способе крайне легко — достаточно оставить магнитную фазу неизменной на протяжении нескольких микрометров. Однако, при декодировании мы столкнёмся с неоднозначностью — сколько микрометров мы прочитали? Соответствует ли это 6 нулям или 5? Чтобы предотвратить эти проблему, данные записываются таким образом, что подобные непрерывные участки без инверсии не будут встречаться.
Если мы видим последовательность «нет инверсии, нет инверсии, инверсия, инверсия» на диске, мы можем быть уверены, что она соответствует «0011» – крайне маловероятно, что наш процесс чтения настолько неточен, чтобы мы могли трактовать её как «00011» или «00111». Таким образом, нам нужно вставить разделители, чтобы предотвратить недостаточное количество переходов. Такой подход называется «ограничением длины хода» (Run Length Limiting, RLL) на магнитных носителях.
Подчеркнём ещё раз, что порой необходимо вставить переходы (инверсии) для того, чтобы хранение данных было надёжным. Возможно, интроны выполняют подобную функцию, позволяя конечному коду сворачиваться подобающим образом.
Как бы там ни было, молекулярная биология – это минное поле! Бушуют споры и критика вокруг вариантов с волнующими названиями наподобие «ранних интронов» или «поздних интронов», а также таких солидных слов, как «сворачивание» и «потенциал образования шпилек» (stem-loop potential). Полагаю, лучше дать этим дебатам бушевать и дальше.
Апдейт от автора: десять лет спустя, эти дебаты всё ещё не утихли. Теперь совершенно очевидно, что «мусорная ДНК» является некорректным названием, но что касается её непосредственной функции консенсус так и не достигнут.
fork() и fork-бомбы (опухоли)
Как и в случае unix-а, клетки не «порождаются» – они делятся. Все клетки в вашем организме имеют начало в виде яйцеклетки, которая с тех пор делилась несметное количество раз. Подобно процессам, обе половины, возникающие в результате
fork() поначалу (почти) идентичны, но в дальнейшем они решают заняться разными делами.Как и в unix, существенные проблемы возникают, когда клетки продолжают
forkаться. Достаточно скоро они исчерпают ресурсы, что может привести к смерти. Это называется опухолью. Клетки нашпигованы ulimit и сторожевыми таймерами (watchdogs) для предотвращения развития подобного сценария. К примеру, количество делений ограничивается укорачиванием теломер.Клетка не может клонировать себя до тех пор, пока не будут выполнены крайне строгие условия – настройки "безопасность по умолчанию". И только если все эти защитные механизмы дадут сбой, возможно развитие опухоли. Так же как и в компьютерной безопасности, сложно найти баланс между безопасностью («ни одна клетка не может делиться») и удобством использования.
Можно сравнить это с известной проблемой с остановкой, впервые описанной основоположником информатики Аланом Тьюрингом. Похоже, что предсказать, завершится ли программа когда-либо, ничуть не легче, чем создать функциональный геном, который никогда не приведёт к раку?
Зеркалирование, отказоустойчивость
Каждая спираль ДНК избыточна сама по себе – она похожа на скрученную лестницу, в которой каждая ступенька содержит два основания – отсюда слово «пара оснований». Если одно из этих оснований отсутствует, его можно вывести из основания с другой стороны «ступеньки». T всегда связано с A, C – всегда с G. Так что мы можем утверждать, что геном зеркалируется внутри спирали, подобно RAID-1.Более того, хромосомы всегда представлены в двух экземплярах – по одной от каждого родителя, за одним примечательным исплючением – Y-хромосомы, которая бывает только у самцов. Хоть детали и несколько сложнее, можно считать, что мы имеем по две копии большинства генов. В случае если один повредится или мутирует в бесполезное состояние, у нас остаётся вторая, независимая копия. Обычно мы такое называем отказоустойчивостью.
Нагромождение API, ад зависимостей
В ходе взаимодействия внутри клетки, белки? полагаются на характеристики друг-друга. В 2001-2002 годах были опубликованы исследования, что протеины, взаимодействующие с большим числом других протеинов, не способны эволюционировать или, по крайней мере, делают это крайне медленно (журнал Nature от 28 июня 2001, а также M. Kimura, T. Ohta в журнале Science от 26 апреля 2002).
Авторы исследований предполагают, что это связано с огромным количеством внутренних зависимостей, которые препятствуют изменению «контракта» белка?. Также было отмечено, что эволюция всё же происходит, но очень медленно, так как обе стороны зависимости должны одновременно эволюционировать совместимым образом.
Вирусы, черви
Недавно, в ходе беседы, кто-то предположил, что было бы действительно круто взломать геном и скомпрометировать путём вставки кода, который копировал бы себя в другие геномы, используя тело-носитель в качестве транспорта. «Совсем как червь Nimda!»
Вскоре он осознал, что именно это делают биологические вирусы на протяжении миллионов лет. И они весьма хороши в этом.
Большое число подобных вирусов стали неотъемлимой частью нашего генома и катаются вместе со всеми нами. Для этого им приходится прятаться от вирусного сканера, который стремится обнаружить чужой, вредоносный код и не допустить его проникновение в ДНК.
Центральная догма: .c -> .o -> a.out/.exe
На заре открытий основ генетики, учёным приходилось сталкиваться со множеством химикалий, взаимосвязь которых была неочевидной. Момент, когда стало ясно, из чего что получается, был провозглашён великим триумфом и получил название «Центральная догма».
Эта догма говорит нам, что ДНК нужен для получения РНК, а РНК необходим для получения белков, подобно тому, как из .c-файл превращается в объектный файл .o, который затем может быть скомпилирован в исполняемый файл (a.out/exe). Кроме того, она сообщает нам, что это единственный порядок, в котором следует информационный поток.
И всё же, Центральная догма недавно слегка поблекла. Как и при любой миллиардлетней разработке проекта, происходило множество хаков, из-за которых информация иногда течёт в обратном направлении. Иногда РНК патчит ДНК, а бывает, что ДНК модифицируется белка?ми, созданными ранее.
Но, в целом, зависимости ясны, так что Центральная догма всё ещё остаётся важной.
Бинарные патчи, aka «генная терапия»
Проделывать махинации с ДНК довольно просто. Существуют фирмы, которым вы можете отправить файл с ДНК, записанным ASCII-символами, и они синтезируют вам соответствующие материалы. Мы даже можем составить ДНК зародышей животных или растений.
Гораздо сложнее «пропатчить» «исполняемый файл» прямо во время выполнения, и это подтвердит любой программист. Так же дела обстоят и с геномом. Чтобы изменить запущенную копию (человека, например), необходимо отредактировать каждый экземпляр гена, который вы хотите «пропатчить», в организме.
На протяжении многих лет медицинская наука пыталась патчить людей, страдающих тяжёлым комбинированным иммунодефицитом (SCID, Severe Combined Immunodefeciency) – крайне неприятным заболеванием, которое, по сути, отключает иммунную систему, что делает пациента тяжелобольным. Достаточно давно стало понятно, какие именно буквы в ДНК необходимо исправить для исцеления этих людей.
Было осуществлено много попыток пропатчить «работающих» людей при помощи вирусов, которые вставляли бы новую ДНК в живых организмах, но этот подход оказался слишком сложным. Геном крайне хорошо защищён, чтобы такой простой подход сработал, – клетки хранят свой код надёжнее, чем Microsoft!
Тем не менее, недавно был найден подходящий вирус, который способен прорваться сквозь защиту и исправить поломки в ДНК, что, вроде бы, исцеляет больного.
Регрессия кода
По мере исправления багов в компьютерных программах, мы зачастую привносим новые баги. Геном изобилует подобными багами. Афроамериканцы обладают иммунитетом к малярии, но взамен подвержены серповидноклеточной анемии:
В тропических регионах мира, где распространена малярия, разносимая паразитами, люди, обладающие одной копией конкретной генетической мутации, имеют преимущество в выживании.
…
В то время как унаследование одной копии этой мутации приносит пользу, унаследование двух копий приводит к трагедии. Ребёнок, рождённый с двумя копиями генетической мутации, обладает серповидноклеточной анемией, болезненным заболеванием, которое влияет на красные клетки крови.
Источник
И это не единственный пример подобной регрессии.
Коды Рида-Соломона: Прямая коррекция ошибок
Как и компьютерный накопитель, ДНК (и его промежуточная форма – РНК) может быть повреждена. Для предотвращения распространённых «однобитных ошибок» кодирование протеина в символах ДНК избыточно. Существует 4 символа РНК: U, C, G и A – другими словами, «байт» имеет длину в 2 бита. Три символа соответствуют аминокислоте.
Теоретически, 6 бит могли бы соответствовать 64 аминокислотам, однако существует только 20 стандартных аминокислот. К примеру, UCU, UCC, UCA и UCG – кодируют один и тот же серин, тогда как только UGG соответствует триптофану.
Тогда, выходит, что некоторые наиболее вероятные «опечатки» (UCU -> UCC) в коде приведут к синтезу одной и той же аминокислоты. Подробнее об этом явлении можно прочитать в книге "Metamagical Themas" за авторством Дугласа Хофстадтера (Douglas Hofstadter).
Священный код: /* от вас не требуется понимание этого кода */
Некоторые участки кода священны. Мы можем не помнить, кто или зачем написал его, мы просто знаем, что он работает. Парень, который его написал, возможно, уже давно покинул компанию. С таким кодом лучше не связываться.
В ДНК известна концепция «молекулярных часов». Некоторые части генома активно меняются, а некоторые – неприкосновенны. Отличным примером последнего являются гистоновые гены H3 и H4.
Эти гены лежат в основе того, как геном хранится, а потому имеют первостепенную важность. Любой сбой в их коде ведёт к нежизнеспособному организму.
Поэтому можно предположить, что этот код не меняется на скорую руку, и, судя по всему, так оно и есть. Гены H3 и H4 обладают нулевым эффективным темпом мутации у людей. Но всё заходит ещё дальше. Этот код является общим для всех, начиная с человека, заканчивая травой или плесенью.
Темп замены нуклеотидов в пересчёте на сайт на 1 миллиард лет между различными протеин-кодирующими генами человека и грызуна с разбросом в 80 миллионов лет, на основании ископаемых доказательств:
Ген Кол-во кодонов Эффективный темп Гистон 3 135 0.00 Гистон 4 101 0.00 Инсулин 51 0.13 Гамма-интерферон 136 2.79
Источник
Судя по всему, существуют два способа, с помощью которых геном может удостовериться в отсутствии мутации кода. Первый способ был описан ранее: использовать аминокислоты, кодировка которых очень избыточна, что позволит получать один и тот же результат даже в случае «опечаток».
Второй способ заключается в том, что гены могут быть скопированы в начале или конце процесса репродукции клетки, что обеспечивает более или менее благоприятные условия копирования. Помимо этого, используются огромное количество подобных условий.
Похоже, что H3 и H4 были весьма тщательно проработаны, так как в них допустимо множество «синонимичных» изменений, которые благодаря вышеописанным хитрым техникам не приводят к изменению результата.
Ошибки кадрирования: стартовые и стоповые биты
...0 0000 0001 0000 0010 0000 0011 0...Эта последовательность, очевидно, описывает 8-битные значения 1, 2 и 3. Я добавил пробелы, чтобы было видно, где байт начинается и заканчивается. Множество последовательных устройств используют стоповые и стартовые биты для обозначения, откуда вам нужно начинать чтение. Если мы немного сдвинем эту последовательность:
...00 0000 0010 0000 0100 0000 0110 ...она внезапно начнёт обозначать 2, 4, 6! Во избежание подобного, в ДНК применяются выработаны сигналы, которые сообщают клетке, где начинать чтение. Любопытно, что существуют участки генома, которые можно начинать читать с нескольких стартовых точек, и каждый раз получать полезный (но разный) результат. Вот что я называю крутым хаком!
Каждый способ прочтения подобного участка ДНК называется открытой рамкой считывания и их обычно 6, по 3 в каждую сторону.
Массовая многопроцессорность: каждая клетка – это вселенная
И всё-таки, ДНК не похожа на язык программирования. Она действительно им не является. Тем не менее, есть несколько больших схожестей. Можно рассматривать каждую клетку в качестве центрального процессора, на каждом из которых запущено своё ядро ОС. Каждая клетка обладает полной копией ядра, но активирует только соответствующие части – свои модули и драйвера, так сказать.
Когда клетке требуется выполнить что-либо («вызвать функцию»), она находит необходимую часть генома и транскрибирует её в РНК. РНК затем переводится в последовательность аминокислот, которые в совокупности дадут белок, который был закодирован в ДНК. А теперь самая крутая часть!
Этот белок будет помечен адресом доставки. Он представлен в виде маркера, состоящего из нескольких аминокислот, который сообщает клетке, куда именно нужно доставить этот белок. Внутри клетки есть целый механизм, который выполняет эти инструкции и способен доставить белок по адресу, который может оказаться даже снаружи самой клетки.
После доставки эта инструкция отрывается и осуществляются несколько этапов пост-обработки, которые могут, например, активировать белок, ведь транспортировать активный белок через места, для которых он не предназначен, – не лучшая затея.
Makefile
Организмы обычно начинают своё существование с одной клетки, которая, как было сказано ранее, содержит две полноценные копии генома. Своеобразный tar-файл, в котором все файлы уже распакованы, готовые к употреблению. Что же дальше?
Встречайте гомеобокс. Клетки должны быть скопированы и каждой нужно назначить её цель существования. Гены, которые содержат гомеобокс, начинают выстраивать цепочку зависимостей «сверху вниз», которая означает «начинать с головы». Для того, чтобы это сработало, образуется химический градиент, благодаря которому клетки могут почувствовать, где они находятся, и определить свои дальнейшие действия, требуемые для образования головы или для образования нотохорда.
Впервые обнаруженные в 1983, на данный момент гены гомеобокса являются одной из самых захватывающих областей для изучения. Отметим любопытный факт, что как и makefile, гены «HOX» только отвечают за включение разных вещей в других генах и сами по себе ничего не образуют.
Похоже, что «синтаксис» гомеобокса является «священным» в смысле, описанном выше. Что случится, если вы скопируете часть «HOX» мышинного гена, являющийся «селектором ноги» в гомеообокс дрозофилы?
По факту, в случае вставки гена мыши HOX-B6 в геном дрозофилы, она может заменить гены antennapedia и вырастить ноги на месте антенн.
Источник
Геномы дрозофилы и человека разветвились не миллионы, а сотни миллионов лет назад. И всё же вы можете скопировать участки («селекторы» на языке генетики) makefile-а и они будут работать. Прошу отметить, что процедура «выращивание ноги» у фруктовой мушки совершенно иная, нежели у мыши, но «селектор» способен корректно запустить необходимые инструкции.
Плагины: Плазмиды
Все живые организмы имеют ДНК, иногда организованные в несколько хромосом («библиотеки»), иногда только одну (как правило, закольцованную в таких случаях). Это касается и большинства бактерий. И по соседству с этим большим основным геномом такие бактерии зачастую содержат «плазмиды» – крохотные кольца ДНК с определёнными функциями.
Эти плазмиды отчасти совместимы с разными видами и при помощи разнообразных механизмов они передаются по горизонтали. Таким способом, например, даже неидентичные бактерии могут «учиться» резистентности к антибиотику друг у друга.
Если сравнивать с миром программирования, плазмиды не являются добровольным приобретением, и подобны загрузке .so при помощи LD_PRELOAD или её аналогом на других платформах. И в самом деле, плазмиды зачастую инъектируются с целью исследования. Их можно ввести в любой вид бактерии и сразу же приступать к работе.
Плазмиды копируют себя независимо от главной хромосомы, поэтому становятся постоянной составляющей бактерии. Для достижения этого, плазмида обладает геном с великолепным названием «точка начала репликации», который срабатывает, когда клетка собирается делиться.
Комментарии (126)
SbWereWolf
17.02.2018 22:44увлекательно
KamAdm
19.02.2018 13:00Не то слово, откровенно говоря я бы сказал доходчиво и понятно. Сразу возник вопрос, а что если избавиться от хлама в 97% в ДНК? Получиться супер человек, без вирусных вставок?
Alex_v99
19.02.2018 13:27В лучшем случае получится такой же человек, поскольку этот код и так не участвует в построении организма. В худшем (если этот код не мусорный, а всё-таки полезный) — нежизнеспособный организм.
NeoCode
17.02.2018 23:54Просто круто!
Возможно в будущем будут созданы мощные экспертные системы, которые позволят по заданным требованиям к организму на основе огромной базы данных и специального компилятора спроектировать и оптимизировать нужную ДНК.DaylightIsBurning
18.02.2018 00:55Теоретически, мы уже вполне можем создать симулятор. То есть (почти) можно «попробовать» что будет, если изменить «байт-код» (ДНК). Это фактически компилятор. Компьютеры почти успешно способны симулировать целую клетку, одна проблема — симулятор очень очень медленный. Причем чем точнее симуляция — тем она медленнее. На сегодняшний момент за месяц на кластере можно с паршивенькой точностью просимулировать примерно микросекунду жизни недо-клетки(вируса в оболочке). Для сравнения, митоз занимает минуты и десятки минут.
Тем не менее, нам не обязательно симулировать всю клетку, что бы понять, на что повлияет конкретная мутация. Часто достаточно симулировать лишь затронутый мутацией белок/рнк и посмотреть как меняется его поведение в сравнении с «обычным» не мутированным. Этим активно пользуются в современной молекулярной биологии и фармакологии.
stalinets
18.02.2018 19:03Просто из любопытства, какова сейчас глубина этой симуляции? В ней прописано поведение отделюных молекул? Или атомов? Атомы симулируются функционально или возможна полная симуляция с нуклонами, электронами, формой орбиталей и т.п.?
Сделать бы такую максимально полную симуляцию на распределённых вычислениях, чтобы миллионы компьютеров смогли, например, сэмулировать, пусть и сильно замедленно, жизнь какой-нибудь бактерии, но только чтоб с атомарной детализацией.vmchaz
19.02.2018 03:12Ищите статьи по теме Molecular Dynamics.
Вот один из примеров: www.ks.uiuc.edu/Research/STMV
DaylightIsBurning
19.02.2018 18:53В основном т.н. atomistic, то есть на атомном уровне симулируют, хотя отдельные части системы могут даже на уровне электронов симулироваться (QM/MM). Естественно, симуляции большого числа атомов идут на распределенных системах. Проблема в том, что «в лоб» эта задача не очень хорошо масштабируется и одну симуляцию нет смысла запускать более чем на 4-8 нодах — быстрее не будет. Более того, на сегодняшний день GPU дают гораздо большую скорость, чем CPU, но ещё хуже масштабируются. Так что за счёт количества компьютеров не выйдет ускорить симуляцию, а даже для маленькой бактерии теоретически хватило бы не слишком огромного кластера. Проблема в том, что для бактерии не пока существует «скриншота» атомистического уровня. Т.е. не с чего начать такую симуляцию. Для вирусов — «скриншот» есть и симуляции уже делали.
Но вообще, не обязательно заспускать одну непрерывную симуляцию, и тем самым связывать себя ограничениями масштабируемости. Можно запускать много параллельных независимых «коротких» симуляций одной и той же системы из разных точек, и потом их «склеивать», например при помощи Markov State Models.
Mitch
20.02.2018 00:36В чем смысл замедленной симуляции, если можно вместо этого запустить реальный процесс и наблюдать за развитием?
Ну разве что такая симуляция должна быть значительно дешевле..DaylightIsBurning
20.02.2018 00:55Запустить процесс не дорого, а наблюдать — очень дорого и, в основном, просто невозможно. В симуляции же мы «видим» все детали. Возникает проблема, правда, достоверности симуляции, но она как раз в основном может быть решена экспериментальной верификацией.
stalinets
20.02.2018 02:53Поменять что-то в геноме и посмотреть на результат в симуляции должно быть намного проще, чем в живой клетке.
arielf
18.02.2018 02:51Можно, но не нужно. Любой 20-летний здоровый человек — пример изначально хорошего проектирования человеческого организма. Проблема не в генах. В 60 они такие же как и в 20. ;-) А старение больше физическое, чем биологическое явление. Более того — пока мы не поймём функции всех генов и их взаимные зависимости — любое вмешательство опасно. Конечно, иной раз мы знаем, что нам нужно поправить, например, в случае генетических заболеваний. Или в целях устранения 'отходов' — например, липофусцина или окисленных ЛПНП, мы можем снабдить клетки организма нужными генами и лизосомальными энзимами. Но вновь, мы обычно воздействуем на конечное звено в цепи — на сами повреждения.
Старение можно определить как процесс накопления молекулярных и клеточных повреждений, являющихся следствием нормального метаболизма. Здесь очень важно подчеркнуть слово «нормального», ибо приняв его во внимание, сразу становится ясно, что ни серьёзно замедлить процесс старения, ни, тем более, остановить его невозможно. Для этого нужно целиком перепроектировать метаболизм человека, заново переписав его геном. Ибо процессы, вызывающие повреждения, являются одновременно и процессами, дающими нам жизнь. Накопление повреждений выше критического уровня приводит к образованию возрастных патологий. Но раз мы не можем повлиять на сами процессы накопления повреждений (по крайней мере на нынешнем уровне науки), что же мы можем? А можем мы, не вмешиваясь в процессы метаболизма, всего лишь время от времени убирать накопившиеся повреждения, вызванные ими, возвращая организм в более раннее, неповреждённое и, как следствие, более юное состояние.
На первый взгляд идея, что обращение старения (омоложение) – не просто самый лёгкий, но и единственно возможный способ борьбы с ним, – кажется парадоксальной. Но задумайтесь, что легче: построить никогда не ломающуюся машину – или вовремя её ремонтировать? Никогда не мусорить в комнате – или вовремя убирать в ней? Так устроен наш мир – устранить структурные различия (мусор и повреждения) намного проще, чем контролировать сложное переплетение различных процессов, ведущее к их образованию.
Более того, нам даже не нужно знать устройство машины и предназначение вещей в комнате! Всё, что нам нужно – это ещё одна рабочая машина и убранная комната. Сравнивая поломанную машину с рабочей, а грязную комнату с убранной, мы сможем узнать, какие детали и вещи нам нужны, какие необходимо заменить, а какие выбросить. Ещё одна хорошая новость в том, что нам не обязательно устранять все повреждения, например, нам не нужно лакировать каждую царапину на машине и искать каждую пылинку в комнате. Нам лишь нужно поддерживать их уровень ниже критического, чтобы машина могла нормально ездить, а в комнате было комфортно жить.
black_semargl
19.02.2018 11:33Несмотря на то, что накопление повреждений безусловно имеет место — старение организма является таким же запрограммированным этапом функционирования организма, как и его рост.
Потому как накопление повреждений случайно — соответственно и продолжительность жизни была бы не менее случайной, примерно как распад атомов.
Blaine_Mono
19.02.2018 12:45Любой 20-летний здоровый человек — пример изначально хорошего проектирования человеческого организма
Это вы об этом ru.wikipedia.org/wiki/Возвратный_гортанный_нерв?
Или о вывернутой наизнанку сетчатке? Или о колене которое имеет всего одну степень свободы? Еще женщины могут многое рассказать о слишком узком тазе.
habrahabr.ru/post/254473 Собственно это не только у людей такие проблемы.
theoryandpractice.ru/posts/9525-cognitive-2 И я уж не говорю о подобных вещах.
vconst
19.02.2018 14:12Вот именно. Нет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте. Избавиться от старых костылей практически невозможно, а поверх всегда приходится городить новые, направленные исключительно на решение одной единственной сиюминутной проблемы.
Позвоночник приспособлен в горизонтальному положению и диски сплющиваются с возрастом? Не беда, главное, что организм дожил до репродуктивного возраста и оставил потомство, которое точно также будет страдать от сплющивания межпозвоночных дисков. Примеров можно привести миллион.levckin_danil
19.02.2018 19:01Нет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте.
Все попытки удалить «ненужные» органы(аппендикс, аденомы, миндалины и тд) провались с треском.
А об эффективности по Парето вы видимо и вовсе не слышали.
Таким образом это ваша вера. Не более.vconst
19.02.2018 20:49В совершенно не разбираетесь в теме.
levckin_danil
19.02.2018 21:20Потрясающий уровень аргументации
black_semargl
20.02.2018 10:33Совсем ненужных органов нет, ставшие ненужными атрофируются даже в процессе жизни.
Но вот работают они все через одно место.vconst
20.02.2018 11:29Про «ненужные» органы" — это уже личная фантазия levckin_danil и спорить бесполезно.
levckin_danil
20.02.2018 13:59-1Это личная фантазия эволюционистов и спорить бесполезно.
The lowly appendix, long-regarded as a useless evolutionary artifact, won newfound respect two years ago when researchers proposed that it actually serves a critical function.
(Выделения мое)
В совершенно не разбираетесь в теме.
vconst
20.02.2018 14:02Вы хоть один мой пост до конца прочитать можете? Где я говорил о «ненужных» или «лишних» органах? Найдите это в моих постах, дайте ссылку и цитату.
Я сказал, что эволюция не занимается планированием, она решает только одну текущую проблему, без всяких расчетов на будущее. Какое из слов вам непонятно?levckin_danil
20.02.2018 14:35Еще раз. Вы пишете:
Нет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте.
Я намекаю вам, что эти утверждения основаны только на вашей вере в ТЭ.
Попытки обосновать их в реальности с треском провалились.
Как пример привожу список «ненужных» органов.
Но, зная, что эволюционисты всегда найдут еще что-то ненужное, нерабочее, я заранее говорю об том, что существует эффективность по Парето. Которая мешает(и не только она) им объявить о том, что если функция плохо разработана значит дизайна нет.vconst
20.02.2018 14:38Но, зная, что эволюционисты всегда найдут еще что-то ненужное, нерабочее
Еще раз, русским по белому: найдите в моих постах хоть слово про «ненужные» или «лишние» органы, дайте ссылку на пост и цитату из него. Не будет ссылки — значит вы спорите с вашими мозговыми тараканами, а не с моими словами.
И, судя по всему, вы из воинствующих креационистов — значит нормальный диалог в вами невозможен.levckin_danil
20.02.2018 14:57-1Еще раз, русским по белому: найдите в моих постах хоть слово про «ненужные» или «лишние» органы, дайте ссылку на пост и цитату из него. Не будет ссылки — значит вы спорите с вашими мозговыми тараканами, а не с моими словами.
Я пытаюсь оспорить ваше общее размытое утверждения, которое подкреплено 0(нулем) примеров.
Вот егоНет в организмах никакого «проектирования», эволюция это сплошные костыли и велосипеды, в самом худшем варианте.
vconst
20.02.2018 15:06Я намекаю вам, что эти утверждения основаны только на вашей вере в ТЭ.
Современная синтетическая теория эволюции, имеет доказательств и обоснований, полученных научным методом, куда больше — чем любая другая теория происхождения и развития жизни.
Попытки обосновать их в реальности с треском провалились.
Как пример привожу список «ненужных» органов.
Что до «подкреплено 0(нулем) примеров» — то вы или сознательно игнорируете неудобные для вас слова, или просто не понимаете о чем идет речь (скорее второе). Потому что таких доказательств тут было достаточно.
Попытки использовать по отношении к научным теориям слова-маркеры типа «вера» — практически однозначно характеризуют неграмотного человека, который не имеет понятия о научном методе. Что кстати, очевидно из незнания вами таких основ научного метода — как «аксиомы», которые вы по невежественности считаете принимаемыми без доказательств, хотя примерно десять веков прошло, как от этого отказались.
Больше переходов на личности
Кажется, я угадал, чей вы клон ;)
И да, если вы неграмотны, не разбираетесь в теории эволюции в частности и научном методе в общем, но пытаетесь спорить на эти темы — то назвать вам неграмотным, это не есть оскорбление, это констатация факта.levckin_danil
20.02.2018 15:18Современная синтетическая теория эволюции, имеет доказательств и обоснований, полученных научным методом, куда больше — чем любая другая теория происхождения и развития жизни.
И снова ноль доказательств. Чтоб начать дискуссию нужно хотя бы одно. А не пустые слова.
Что до «подкреплено 0(нулем) примеров» — то вы или сознательно игнорируете неудобные для вас слова, или просто не понимаете о чем идет речь (скорее второе). Потому что таких доказательств тут было достаточно.
У вас их там не было. Брать из других источников я не имею права.
Попытки использовать по отношении к научным теориям слова-маркеры типа «вера» — практически однозначно характеризуют неграмотного человека, который не имеет понятия о научном методе. Что кстати, очевидно из незнания вами таких основ научного метода — как «аксиомы», которые вы по невежественности считаете принимаемыми без доказательств, хотя примерно десять веков прошло, как от этого отказались.
Кажется, я угадал, чей вы клон ;)
И да, если вы неграмотны, не разбираетесь в теории эволюции в частности и научном методе в общем, но пытаетесь спорить на эти темы — то назвать вам неграмотным, это не есть оскорбление, это констатация факта.
Больше переходов на личности. Не успели обосновать свою позиции, а уже празднуйте.vconst
20.02.2018 15:26//зевает от скуки
И снова ноль доказательств
И не говорите, будто вы раньше этого не заметили, все цитаты из этой ветки, в пределах одного-двух скроллов:
РазЭто вы об этом ru.wikipedia.org/wiki/Возвратный_гортанный_нерв?
Или о вывернутой наизнанку сетчатке? Или о колене которое имеет всего одну степень свободы? Еще женщины могут многое рассказать о слишком узком тазе.
habrahabr.ru/post/254473 Собственно это не только у людей такие проблемы.
theoryandpractice.ru/posts/9525-cognitive-2 И я уж не говорю о подобных вещах.
ДваПозвоночник приспособлен в горизонтальному положению и диски сплющиваются с возрастом? Не беда, главное, что организм дожил до репродуктивного возраста и оставил потомство, которое точно также будет страдать от сплющивания межпозвоночных дисков. Примеров можно привести миллион
Больше переходов на личности
Теперь я уже не сомневаюсь в том, какой у вас основной аккаунт.
Удачи, дальше вы соло.levckin_danil
20.02.2018 15:37Раз
Вы его не приводили. А сам я его тащить в ветку не могу.
Два
Как износ механизма оспаривает дизайн? Или доказывает ТЭ?
Удачи, дальше вы соло.
Когда не перейти на личности не вышло, слив был делом времени
dskozin
18.02.2018 01:18Не так давно я изучал психологию, и в частности курс физиологии ЦНС, где в том числе рассказывали и о строении ДНК. Для программистов все оказывается очень близко с computer science. Кстати сказать ДНК кодируется одной стороной известной нам спирали. Вторая сторона — резервная копия. (если я не путаю)…
Shamus
18.02.2018 08:55Простите, но это не так. Обе цепи содержат протеин-кодирующие гены. Более того, иногда одна сторона содержит кодирующий ген, а вторая — некодирующий, управляющий ген (часто обозначают antisense). Считывание первого дает возможность считаться второму.
Tarson
18.02.2018 12:40+1Все верно, резервная копия. Если, например радиация рвет одну цепь, то она восстанавливается по второй. Поскольку напротив одного нуклеотида всегда находится строго определенный другой. Это давным-давно еще выяснили.
apple01
18.02.2018 19:25продолжая аналогию в статье, RAID array with parity?
black_semargl
19.02.2018 11:35Нет, именно чистое зеркало.
Просто полезный файл то в одной половинке, то в другой. И опознаётся по сигнатуре.
arielf
18.02.2018 02:35Хорошая публикация, но перевод лучше маркировать как перевод по правилам.
satellight Автор
18.02.2018 13:19Это моя первая публикация и, вероятно, я не сильно знаком с редактором, так как не обнаружил способа пометить её как перевод.
satellight Автор
18.02.2018 13:44Хм, проглядел, что можно переключать между режимами «публикация <-> перевод». Не стану заявлять, что это UX-промашка сайта :)
genseq
18.02.2018 09:15+3Отличная статья! Жалко только, что при переводе выпали некоторые картинки. Например:
Idot
18.02.2018 10:35-1Нужно ещё вспомнить, то клеточные структуры, например, митохондрии, тоже могут иметь свою ДНК с собственным кодом.
quwy
19.02.2018 05:23Это как вспомогательный контроллер внутри процессора, например, подсистема управления питанием (опять же двойная аналогия). Там своя система команд, свой программный код, свое исполняющее ядро. Маленький процессор внутри большого, выполняющий свою задачу независимо от «хозяина».
MaxAkaAltmer
18.02.2018 12:21Геном засорён старыми копиями генов и неудачных экспериментов в в недалёком прошлом (около полумиллиона лет назад). Этот код всё ещё в ДНК, но неактивен. Его называют «псевдогенами».
Последние исследования показывают, что это не совсем так. Многие части ДНК, которые считают «мусорными», на самом деле используются в кратковременных, но ключевых этапах формирования организма.
Zergos_Z
18.02.2018 12:40Если сейчас генерация цепочки ДНК не является проблемой, то почему-бы не провести эксперимент — вырезать все мусорные участки ДНК мухи и попытаться запустить процесс деления. Если получится такая же муха, что и с мусорным ДНК, то этот кусок не нужен. Можно вырезать не сразу всё, а постепенно.
DaylightIsBurning
18.02.2018 17:57подобные исследования ведутся: ru.wikipedia.org/wiki/Mycoplasma_laboratorium
Tarson
18.02.2018 12:43Однако птицы радикально свой геном подсократили. Захочешь летать и не так оптимизируешься. У них геном (относительно естественно) короче чем у наземных аналогов в 2-3 раза.
levckin_danil
18.02.2018 13:31Телеологичные и интенционально нагруженые слова не должны стоять близко рядом с ТЭ.
Это абсурд.
satellight Автор
18.02.2018 13:22Справедливости ради, оригинальная статья была написана, если не ошибаюсь, в 2003 году. Учитывая, что молекулярная генетика активно развивается, не мудрено, что в ней (статье) накопилось немало неточностей.
vconst
19.02.2018 14:15Огромное количество «мусорной ДНК» — является большим массивом директив компилятора для включения / выключения генов и для нормальной работы редупликации и считывания генов. Информация в статье сильно устарела.
uncle_goga
18.02.2018 13:14Меня всегда волновал назойливый вопрос, почему программистов часто обучают ненужным технологиям, но далеко не всегда приводят аналогии процессов в жизни, будь то клеточный уровень и тд.
EchoStan
18.02.2018 13:15Жаль, что проблемы реализации такого подъода на практике в статье не постулируются =(
levckin_danil
18.02.2018 13:15По поводу «псевдогенов».
Тут автор видимо немного не в курсе.
Проект ENCODE напал на священную корову теории эволюции, на мусорную ДНК(junk DNA) заявляя:
что по крайней мере 80 % генома человека является биологически активным, до этого господствовало представление, что большая часть ДНК является «мусорной».
В итоге в болоте возникло очередное бурления говен. Например PZ Myers
Подробнее о драме стоит начать читать с plato.stanford.edu. Там вкусненькое «and that the ENCODE researchers ventured into ‘small science’ territory by trying to deliver an interpretation of that data.»(выделения мое)
Небольшое предостережения переводчику(потому как автор не прочтет).Нельзя говорить, что ДНК код является кодом.
Политкорретко говорить, что это иллюзия кода, что это «больше шифр».
Иначе вас быстро обзовут ИДиотом и креационистом.arielf
18.02.2018 20:23Биологические активные и имеющие значение — разные вещи. Например, многие транспозоны и ретротранспозоны несоменно биологически активны, но большая их часть не несёт никакой полезной инфы, являясь не более чем фрагментами вирусов или эндогенными вирусами.
levckin_danil
18.02.2018 21:07большая их часть не несёт никакой полезной инфы
Сильное утверждения.
Есть подтверждения в виде опытов?
Или это просто глупое ожидание, проистекающее из ТЭ?
vconst
19.02.2018 14:18Нельзя говорить, что ДНК код является кодом
ДНК — это скорее язык разметки, чем программа. Что-то вроде HTML и CSSв одном флаконе, с редкими вставками JS прямо в тексте сайта.
При том, эта аналогия и аналогия в статье слишком натянуты, как и любые аналогии из кардинально разных областей.
maxminimus
18.02.2018 13:15-2И некоторые программисты на Хабре до сих пор верят что всё это произошло само из ничего.
То есть мир такой волшебный что вещи которые сложнее Си и Линукс в тыщу раз теоретически могут возникнуть сами. Это мракобесие и слабоумие.
Кто выглядит смешнее — те кто верят в чудесное самовозникновение всего из ничего, или те кто верят в чудесных внеземных программистов?
IvanT
18.02.2018 14:12+3В чём практическая ценность того, чтобы верить в Чудесного Программиста, который якобы создал всё живое? Какой толк от этого конкретно Вам?
А вообще от любой веры больше вреда чем пользы. Будь то вера в высшие силы творения или в случайное самосоздание. Вера переводит мозг из открытого состояния поиска в закрытое состояние «всё понятно». В итоге мы получаем массу людей, понимание, которых основано ни на чём.maxminimus
19.02.2018 08:35Я не Верю, я уВерен что жизнь спроектирована некими высшими инженерами.
Когда адекватный человек видит программу или механизм — он уверен что его создал разум. А слабоумные и психически больные люди живут в параллельной реальности, в сказке, в бреду.
Вопрос о том кто именно создал и зачем и какова его природа — вторичен, и это не важно.
Любой адекватный программист и инженер знает что код сам не пишется, и программы себя сами не улучшают, и кто не понимает этого тот слабоумный дебил, но это норма в нашей культуре. Везде, и на Хабре и в правительстве побеждает слабоумие и мракобесие. И только у силовиков порядок и они умеют работать и развивать настоящую подлинную науку.
Stalker_RED
19.02.2018 08:54Любой адекватный программист и инженер знает что код сам не пишется, и программы себя сами не улучшают
Я просто оставлю это здесь:
ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9_%D0%B0%D0%BB%D0%B3%D0%BE%D1%80%D0%B8%D1%82%D0%BCmaxminimus
19.02.2018 10:38Да, там написано:
Имеется много скептиков относительно целесообразности применения генетических алгоритмов. Например, Стивен С. Скиена, профессор кафедры вычислительной техники университета Стоуни—Брук, известный исследователь алгоритмов, лауреат премии института IEEE, пишет:
« Я лично никогда не сталкивался ни с одной задачей, для решения которой генетические алгоритмы оказались бы самым подходящим средством. Более того, я никогда не встречал никаких результатов вычислений, полученных посредством генетических алгоритмов, которые производили бы на меня положительное впечатление.
Ты тоже неадекватный программист, догматик-фанатик, тоже веришь в сказки, в бред псевдонаучный. Увы, на Хабре и в России полно таких и они у руля и определяют правила жизни сообщества — это результат десятилетий дебилизации населения. Но разум когда-нибудь победит!
IvanT
19.02.2018 09:42А ну с такими «железными» детсадовскими аргументами конечно спорить невозможно. Вам прямая дорога в правительство ;) Там тоже всегда уверенны во всём и считают всех остальных идиотами, которые не понимают очевидного.
Lsh
19.02.2018 12:22жизнь спроектирована некими высшими инженерами
Ну допустим. А кто спроектировал высших инженеров?maxminimus
19.02.2018 13:41Ты тоже слабоумный?
Зачем их проектировать?
Они не роботы и не программы как мы.
Нет ни каких оснований думать что они такие же как мы.
Мы это видимая материя — они это может быть темная энергия… гепотезы можно любые напридумывать, это не важно. Важно не быть дебилом.
Главное что должен понимать настоящий программст™ — программы и механизмы никогда сами не создаются из ничего, и кто этого не понимает тот недоразвитый дебил, вредный и даже опасный для общества. Но в нашем обществе давно глупость победила.satellight Автор
19.02.2018 14:21Полагаю, что исключительно на основании теории вероятности можно считать ненулевой вероятность возникновения работоспособной программы (способной себя реплицировать) из бинарного шума, если он будет генерироваться в гигантских объёмах (сравните масштабы Земли и Вселенной) и на протяжении 12-13 миллиардов лет. Смотрите теорему о бесконечных обезьянах, только в данном случае не требуется написание Гамлета, а «всего лишь» первоначального одноклеточного (которое, вполне вероятно, работало не с ДНК, а РНК), способного делиться и эволюционировать.
maxminimus
19.02.2018 14:43— это псевдонаучная квазирелигиозная вера и мракобесие.
Я не религиозный фанатик и не псевдонаучный догматик, я вне этих двух противоборствующих сторон. Я занимаюсь реальной наукой и если читаю св.писания то делаю это читая оригинал со словариком, а не слушаю толкования попов-мракобесов.
Программист который верит что код может случайно появится сам — это реально безумный слабоумный человек, такие люди в идеале должны быть изолированы от нормальных людей, чтобы жизнь людей не стала тем чем она стала в западной христианской цивилизации.
В нашей культуре наоборот — психбольница в руках пациентов.
Аналогично в темные средние века религиозные фанатики сжигали людей занимающихся реальной наукой — сегодня те же фанатики минусуют на Хабре.
Причем так же эти люди склонны кучковаться и действовать синхронно, потому что они пассионарии, бешенные мракобесы борющиеся за чистоту веры и чистоту кода, а нормальным людям пофик, что у руля веками мракобесы…
На Хабре как бы есть священный догамат о самовозникновении жизни — всех кто против этого минусуют и изгоняют. Хабр это секта тоталитарная )) аналогичная например РПЦ
Короче, разумным людям надо активно бороться с идиотизмом и маразмом, и не быть пофигистами. Разум когда-нибудь победит, и на Хабре и в России ))
Я верю и надеюсь!Lsh
19.02.2018 15:23и если читаю св.писания то делаю это читая оригинал со словариком
Что, вот так запросто вы читаете на древнееврейском или койне, просто со словариком? Сильно!
QDeathNick
19.02.2018 16:25такие люди в идеале должны быть изолированы от нормальных людей
Думаю это сейчас произойдёт с вами. Прощайте.
vconst
19.02.2018 14:48Перестаньте его кормить… Ветка комментариев разрастается без всякого смысла, скроллить приходится больше.
Lsh
19.02.2018 15:20Ты тоже слабоумный?
Вы всегда так ведёте диалог? Если вам задают вопрос, то нужно сначала оскорбить, потом только отвечать?
Может быть тёмная энергия, пусть так. Что, она является чем-то неделимым целым? Почему «инженеры» не могут из чего-то состоять? Если состоят, то их можно разобрать, собрать и, соответственно, проектировать.maxminimus
19.02.2018 16:12Вопрос ведь о слабоумии — да кого-то это может обидеть, но у меня нет желания нарошно оскорблять, я спокойно трезво диагностирую массовое безумие.
Есть факты очевидные:
1) мы это био-программы + био-механизмы
2) программы и механизмы не могут возникнуть сами
это закон природы
3) соответственно есть некие инженеры которые их разработали, в том числе эволюционно, миллионами лет экспериментируя, комментируя ненужный код.
4) кто эти инженеры мы не знаем, пока, но есть легенды о них в св.писаниях
их природа нам не известна, они могут быть непостижимо чудесными и существовать вне времени и пространства, это не важно,
важно верно понять то что мы видим.
А тот кто верит в чудеса самовозникновения механизмов и программ — это дебилы, иначе не сказать, и это норма для нашего западного христианского общества, аналогично в средние века нормой было мракобесие и сжигание ученных.
Вера в самовозникновение оказывает чудовищные последствия для общества — от этого вера в невидимую руку рынка и тп массовое слабоумие — не надо ничего изобретать и стараться ведь всё возникает само, давайте жить в розовых очках и сами себя обманывать! Мы бодры, веселы…
Если кто-то верит в вечный двигатель или самовозникновение всего — пусть этот бред докажет, а мы посмеемся ))
MikailBag
19.02.2018 17:35(Переходя в режим зануды).
Может быть тёмная энергия, пусть так. Что, она является чем-то неделимым целым? Почему «инженеры» не могут из чего-то состоять? Если состоят, то их можно разобрать, собрать и, соответственно, проектировать.
Но мы же не можем, к примеру, разделить кварки (но это не точно)?
Вдруг, эти "высшие создатели" — кварки 7 аромата?
Впрочем, доказать что-либо в физике вообще невозможно (Да существует вечный двигатель!!! Это Матрица лаганула при испытаниях), поэтому обсуждать данный вопрос довольно-таки бессмысленно.
maxminimus
19.02.2018 17:55Мы знаем что 96% мира мы не видим.
Глупо рассуждать о том чего мы не видим, и думать что за пределами нашего видимого материально мира всё аналогично, мы даже может быть в принципе не способны осознать что там.
Мы созданы и мы смертны — но это не значит что создатель тоже создан и смертен. Вообще нет причин так думать, это глупо.
Темная материя + темная энергия это по сути Небо образно описанное в древних текстах. Образно, а не точно детально.MikailBag
19.02.2018 18:15Посмотрите. Есть две гипотезы.
1) Мир создал рандом с эволюцией.
2) Мир создал Ктулху/Иисус/Аллах/Темная материя.
Предложите, пожалуйста, эксперимент, который позволит разделить эти гипотезы.
maxminimus
19.02.2018 19:51Вот это пример так называемого вранья ))
На самом деле это не две противоположные конкурирующие гипотезы. Достойные сравнения и равного обсуждения.
Первое — это бред, тоесть грубая логическая ошибка которую допускают слепые фанатики любой веры, и псевдонаучной веры. Причем всегда во все века эти люди хотят же как лучше и «спасают мир».
Второе — это вполне себе гипотеза основанная на св.текстах и на исходном коде описанном в этой прекрасной статье. В эту гипотезу верят несколько миллиардов уважаемых людей на планете, которые на моей стороне.
Ошибка — потому что невозможно ничего создать случайно, а тот кто верит в эту фантазию тот слабоумный фантазёр неадекватный, с задержкой развития на уровне детсада.
режим зануды вклВообще весь этот бред происходит из европейской цивилизации.
Фактически суть в том что есть люди которые искренне верят в европейские религии и их ценности — начиная с христианства константина до коммунизма и демократии и экономики и феминизма и лгбт-права человека…
Западная цивилизация противоположна нашей азиатской и не совместима с нами, у нас другие ценности, но фанатики пассионарии упорно служат «западу», отстаивают любые их религии. В правительстве насаждают римское православие и невидимую руку рынка, на Хабре насаждают самозарождение кода, и минусуют нормальных ребят вроде меня)) которые кстати изобретают языки программирования для детей.
Перелом неизбежно произойдёт скоро. И система образования будет реформирована, и больше не будет производить дебилов.
Слепые фанатики всегда веками слепо тупо минусуют всех кто против их символа веры. И это отличительный признак «фашизма-корпоративизма»
Мы уже однажды победили коллективный запад.
И у нас была самостоятельная реальная наука без мракобесия.
Жаль что не смогли построить главное — хорошую систему образования.
gearbox
19.02.2018 20:14>В эту гипотезу верят
В гипотезу не надо верить, ее надо доказывать или опровергать. Верить — это про аксиомы и догмы (в зависимости от того в каком вы лагере)
>Первое — это бред, то есть грубая логическая ошибка
А значит не составит никакого труда привести опровергающий пример или предложить «эксперимент, который позволит разделить эти гипотезы.»vconst
19.02.2018 20:51Аксиомы к вере не имеют никакого отношения.
levckin_danil
20.02.2018 01:26Аксиомы к вере не имеют никакого отношения.
Знатный фейл.
Чтоб заняться наукой, мы должны верить в:* Что естественный мир реальный (не иллюзия)
* Что естественный мир не божественен (т. е. пантеизм ложный), и поэтому кара небесная тебе во время экспериментов на голову не упадет.
* Что естественный мир не управляется многочисленными конкурирующими и / или капризными силами (т. е. политеизм является ложным)
* Что естественный мир управляется рациональным порядком
* Что человеческий разум в какой-то мере способен понять рациональный порядок, проявляемый природным миром
* Что человеческие когнитивные и сенсорные способности в целом надежны
* То, что рациональный порядок, проявляемый естественным миром, не может быть выведен из первых принципов, поэтому необходимы наблюдение и экспериментvconst
20.02.2018 04:50Что это за ерунда? При чем тут наука и аксиомы?
Ещё раз, в современной науке ничего на веру не принимается, все аксиомы должны быть доказаны.levckin_danil
20.02.2018 14:21Аксиома это положения принимаемое без доказательств, т.е. на веру.
Хотя некоторые аксиомы очевидны, сути дела это не меняет.
Ещё раз, в современной науке ничего на веру не принимается, все аксиомы должны быть доказаны.
Это ваши представления об науке. Не более.
Давайте докажитеЧто человеческие когнитивные и сенсорные способности в целом надежны
Только не забывайте evidence is not proofvconst
20.02.2018 14:26Аксиома это положения принимаемое без доказательств, т.е. на веру.
Это чушь, вы отстали от современной науки на несколько веков. Современный научный метод не допускает никаких верований в аксиомы, они все без исключения должны быть доказаны, тем или иным способом. Поищите определение в словаре. Только современном, а не далевском.levckin_danil
20.02.2018 14:40A statement or proposition which is regarded as being established, accepted, or self-evidently true.
en.oxforddictionaries.com/definition/axiom
Поискал. Не нашол. Ваш черед.vconst
20.02.2018 14:46Навскидку: gtmarket.ru/concepts/6996
В науке аксиома понимается как положение научной теории, которое принимается в качестве исходного, причём вопрос об истинности аксиоматического положения решается либо в рамках других научных теорий, либо посредством интерпретации данной теоретической системы
levckin_danil
20.02.2018 15:11Если теория A, содержит аксиомы Ax1, Ax2, ..., AxN
И теория B, подтверждает эти аксиомы.
То мы получаем бесконечный регресс, т.к. теория B содержит аксиомы Bx1, Bx2, ..., BxN
Если мы положения принятое без доказательств доказываем доказательствами вытекающими из это положения, то мы получаем порочный круг.vconst
20.02.2018 15:16Зря вы так резко в математику… Для вас это пока слишком сложно.
Вы лучше статью дочитайте, потом можете приняться за список литературы в конце, тогда у вас все получится.
Еще немного оттудав формальном исчислении аксиома является уже не предложением некоторой содержательной научной теории, а просто одной из тех формул, из которых по правилам вывода этого исчисления выводятся остальные доказуемые в нём формулы (то есть «теоремы» этого исчисления). В современной науке аксиомы являются не исходным началом научного познания, а скорее его промежуточным результатом. Они обосновываются не сами по себе, а в качестве необходимых составных элементов теории: подтверждение последней есть одновременно и подтверждение её аксиом.
levckin_danil
20.02.2018 15:32Зря вы так резко в математику…
Где математика?
Для вас это пока слишком сложно.
Больше переходов на личности
Вы лучше статью дочитайте, потом можете приняться за список литературы в конце, тогда у вас все получится.
Еще немного оттуда
Покажите как это оспаривает мои слова? Где противоречив?
P.S.
В этом случае причина принятия аксиомы — вера в закономерность природы, выражаемую данной гипотезой.
(выделение мое)
Mitch
20.02.2018 00:48+1Рекомендую прочитать пару научпоп книг по генетике, при прочтении вы либо измении свое мнение, либо найдете слабое место вполне конкретное.
Ричард Докинз "Эгоистичный ген"
Марков "Рождение сложности"
Без дополнительных аргументов утверждать "невозможно чтоб такое сложное как жизнь возникло само.." звучит глупо и некомпетентно, с вами фактически не о чем вести диалог.
maxminimus
20.02.2018 11:07— ну вот типичное поведение сектанта!
Аналогично православные в ответ на критику церкви говорят: вы сначала изучите все наши догматы книги историю и тд — и тогда сможете нас верно понять и оценить…
А то что в библе написано противоположное тому чему они учат — это их не смущает.
Еще раз кратко повторяю для непонятнливых:
- Не может программа написать сама себя
- Не может язык программирования появиться сам
- Не может механизм создать сам себя...
Это просто невозможно.
Это не научная гипотеза — это фантазия уровня детсада, вера в чудеса.
Я пишу программы и знаю как это тяжело.
Я создаю языки программирования для детей.
Я увлекаюсь легким машиностроением и робототехникой.
Я понимаю о чем говорю.
Просто есть люди которые не способны различить реальность и фантазию.
Такие люди всегда есть в популяции, примерно один процент. Но они активнее раз в сто, потому что бешеные пассионарии, фанатики, спасители, борцы за чистоту веры и за чистоту кода.
Я уверен что есть высшие программисты, судя по исходному коду описанному в этой прекрасной статье. Это не вера, это логический вывод, естественный, а не притянутый за уши. В моей космологии и картине мира такая гипотеза. 96% мира это невидимое Небо, образно говоря (темная материя + темная энергия). Мы его не видим и не понимаем но знаем и уверены что оно есть.
И есть две основные противоборствующие веры:
1) вера в бога, описанного в св.писаниях
2) вера в самовозникновение программ и механизмов, и самонаписание кода
— в обоих случаях люди верят в то что не видели, и опираются на свои св.писания и догматы.
Первая вера соответствует моей гипотезе. Тут я не маргинал — на моей стороне несколько миллиардов уважаемых людей на планете, преимущественно Азия. А те кто верят в самозарождение и невидимую руку рынка — это западный либеральный безумный мир, сша и европа.
На Хабре фактически фанатики насаждают веру в самонаписание кода ))
Должно быть правило как в нашей конституции:
- Никакая вера не может быть официальной и насаждаться
MikailBag
18.02.2018 14:55Многие описанные механизмы (например немутирующие гены) явно сформировались в ходе эволюции
levckin_danil
18.02.2018 16:07Механизмы коррекции для подавления случайных мутаций явно сформировались не в ходе эволюции.
Как же нам быть?
netch80
18.02.2018 16:33> И некоторые программисты на Хабре до сих пор верят что всё это произошло само из ничего.
Какой там срок жизни Вселенной сейчас предполагается? И Земля возникла уже при втором поколении звёзд.
Ohar
18.02.2018 17:13+1Начиная верить в чудесных программистов, вы неизбежно приходите к вопросу о том, кто их запрограммировал. И в конце концов вы всё равно придёте к ответу «зародились самопроизвольно», иначе вы уйдёте в бесконечный цикл.
Теперь на сцену выходит бритва Оккама и отсекает излишнюю сущность в рассуждениях.
Тех самых чудесных программистов.maxminimus
18.02.2018 18:25-2вы неизбежно приходите к вопросу о том, кто их запрограммировал...
— это логическая ошибка, и очень очень глупая.
Создатель(ли) (высший разум) может не иметь ни начала ни конца, быть вне пространства и времени, не быть как мы механизмами+программами, не быть «живым» как мы, то есть смертным. Думать что Создатели такие же как мы — это верх глупости.
Современная наука говорит что 96% вселенной мы не видим, мы понятия не имеем что там.
Я говорю о тотальной идиотизации населения, о глобальном безумии западной цивилизации. Все эти научные догматы и научная вера в чудеса самовозникновения всего — это еще глупее и смешнее чем церковные догмы.
Очевидно жизнь на нашей планете была кем-то спроектирована. Это очевидный факт. Но это не значит что надо верить попам и впадать в религиозное мракобесие. Просто это открытый вопрос. Не надо спешить отвечать на те вопросы на которые невозможно ответить.
Люди верящие в «самовозникновение всего» соответственно верят в «невидимую руку рынка». Это слабоумие. Не надо ничего делать — всё само собой будет.
nomadmoon
18.02.2018 22:25Если рассуждать в рамках логики то вы рассматриваете два варианта
1) всё сущее было создано
2) всё сущее могло возникнуть самостоятельно
В первом варианте вы получаете бесконечную рекурсию, поскольку у каждого создателя должен быть вышестоящий создатель. Это парадокс.
Во втором варианте парадокса нет, так как создатель (на текущий момент самый продвинутый создатель, существование которого доподлинно известно это человек) мог возникнуть самостоятельно.
Вы же вообще отказываетесь от логики, заявляя фактически «что то что я хочу считать невозможным к самостоятельному появлению (не создатель) не может появиться самостоятельно, а что то что я хочу считать возможным к самостоятельному появлению (создатель) может появиться самостоятельно».maxminimus
18.02.2018 22:46Вот ты, пардоньте, пример слабоумия и непонимания того что я сказал.
Я не говорю так: «всё сущее..» Я сказал о биомеханизмах и биопрограммах. Никакие механизмы и программмы никогда не возникают сами без посторонней помощи. И только настоящие, пардоньте, дебилы этого не понимают. Такие как в нашем правительстве например, которые ничего не делают и другим не дают, и верят в невидимую руку рынка, и слепо верят в древние европейские догмы (христианские, псевдонаучные, экономические, демократические..).
Мы это «изделие» которое осознаёт себя, мы «искусственные интеллекты» биологические, биороботы. Глупые интеллекты думают что их создали другие роботы, и что нет других форм разума и других измерений. Совсем глупые и неадекватные думают что механизмы и программмы появляются сами без участия разумных существ.
Это железная логика, а не ваше псевдонаучное религиозное мракобесие.nomadmoon
18.02.2018 22:49Ладно, «изделие», оставлю вас наедине с вашими взглядами на мир :)
coal
19.02.2018 23:21Несмотря на абсолютную логичность ваших доводов про самоорганизацию — ваш оппонент точно так же прав, как и вы. Данный парадокс вполне успешно решается, нужно всего лишь выйти в область над-логики.
1 ступень логики: ИЛИ-ИЛИ
2 ступень: И-И
3 ступень: НИ-НИ
4 ступень: И-И и НИ-НИ
Парадокс действительно имеет решение и когда вы найдете его решение в синтезе — это будет одно из самых ярких открытий в вашей жизни.
с уважением
Welran
19.02.2018 09:02Ну вообще логически есть еще вариант — что то существовало изначально. Тут тоже остаются вопросы — как это согласуется с ТБВ, насколько это изначальное могущественно, зачем ему было создавать жизнь на Земле, существует ли оно сейчас или исчезло и куча других.
Faridzan
18.02.2018 18:09Прошу прощения maxminimus. но вы не могли бы предоставить ссылки на признанные научные работы или статьи в качестве доказательство своих слов?
или, может быть, ваше мнение основанные на веру в различные мифы?levckin_danil
18.02.2018 19:36Отвечу за него.
Существует некоторое количество таких ссылок
Внимания вопрос: у вас достаточно компетенции для оценки таких статей?
Или вы как PZ Mayer, которого отсутствия этой самой компетенции не смущает?
arielf
18.02.2018 20:54Очень хорошие книги, объясняющие, как огромная сложность появилась из 'ничего'.
www.ozon.ru/context/detail/id/26666646
www.ozon.ru/context/detail/id/137739116
macroevolution.livejournal.comlevckin_danil
18.02.2018 21:55-1Подобные книги очень хороши.
Если не упоминать о проблемах и конкурирующих объяснениях, то проблем неискушенному читателю не видно.
Докинз про Бехе с его мышеловкой вспомнил? Он дурак.
Марков умный. Марков не вспомнил. Нет конфликта, нет возможности проиграть.
Назвал главу «Несократимая сложность»? Тогда давайте построим соломенное чучело и поговорим обо всем, кроме «irreducible complexity»
И самое главное. Интенционально нагруженые слова.
Их нужно больше для тупого быдла.прокариоты так и не смогли преодолеть этот рубеж и дать начало
что смогла создать эволюция
Некоторые «высшие» прокариоты, такие как цианобактерии, могут даже иногда менять строение своих клеток, не меняя генома
так сильно тяготели к симбиозу.
Lsh
19.02.2018 15:28levckin_danil
19.02.2018 17:08Строим соломенное чучело, затем сжигаемым его.
Затем из рукава вытаскиваем эффективный алгоритм поиска и *ПУФ* эволюция доказана.
Откуда взялся алгоритм поиска(как мы найдем нужные часы)? Возможно существует какой-то мировой закон, который дает нам его? Типа дхармы?
Faridzan
18.02.2018 16:33Прошу прощения, но мне кажется данное утверждение в корне не верно:
Почти половина генома человека состоит из транспозируемых (или «подвижных») генетических элементов. Эти элементы впервые были обнаружены в 1940-х годах доктором Барбарой МакКлинток (Barbara McClintock) при изучении своеобразных схем наследования, найденых в цветах индийской кукурузы. Идея подвижного ДНК заключается в том, что некоторые участки являются нестабильными и «транспозируемыми», то есть они могут перемещаться – внутри и между хромосомами.
Подвижный геном присущ только растениям, но не животным.
как утверждается в лекции Роберта Сапольского
youtu.be/E5eMH0HLEno?list=PL8YZyma552VcePhq86dEkohvoTpWPuauk&t=1143
данный механизм был вырабатн растениями, так как «у них нет ног и они не могут убежать от среды обитания, но могут изменить свое ДНК, чтобы приспособится к среде»
Faridzan
18.02.2018 16:40UPD
я чуть чуть ошибся, небольшая коррекция:
еще раз переслушал лекцию Роберта Сапольского.
Да у человека есть «подвижные гены», они встречаются в клетках иммунной системы человека и в нейронах мозга. В остальных клетках гены человека (как и других животных) статичные.
genseq
18.02.2018 19:22О роли мусорной ДНК на гиктаймсе — «Ядерное мышление эукариот»:
https://geektimes.ru/post/295605/
Gorynych23
19.02.2018 12:44Хочу просто поделиться своими соображениями. Полностью используя всю генетическую информацию, полученную от родителей, невозможно создать полноценную жизнеспособную особь. В организме человека, как пример, присутствуют и живут в тесном облигатном симбиозе ориентировочно 1000 видов микроорганизмов, со своими ДНК и РНК. Их общее количество превышает число клеток собственного организма. Думаю, можно утверждать, что не одним геномом собственным жив человек.
dauster
19.02.2018 12:47Не претендую на объективность, но лично мне всегда казалось, что программа (а ля байт-код в контексте статьи) — лежит вовсе не в ДНК.
Имхо — ДНК — это, упрощенно говоря — данные, кодирующие белки через РНК. Алгоритм, который определяет последовательность включения тех или иных генов в онтогенезе и управляющий работой клетки, как единого целого (со всем органеллами), лежит где-то еще — скорее всего, в цитоплазме.
AkusherA
19.02.2018 12:47Отличная статья!
Говорю, как специалист по генетике. Упущены только совсем специфические моменты, типа пространственной организации хроматина или участия инсуляторов в регуляции транскрипции. Но это была бы уже статья для другого уровня специалистов. В продолжение — рассмотреть вопросы автора кода и возможности его самовозникновения)))Lsh
19.02.2018 15:26рассмотреть вопросы автора кода
Тут уже выше началось бурление с аргументами «кто не верит — дебил».
AlexeyKovyazin
19.02.2018 17:00Хорошая статья — но не хватает второй части, посвященной отладке. Теперь, когда появились CRISPR и прочие механизмы редактирования генома, возможно проводить «отладку» — т.е. менять гены, смотреть на результат. Т.к. цикл такой отладки зависит от жизни организма, и обычно очень длинный, надо проводить ее в параллельных потоках — одновременно запускать сотни или даже тысячи изменений.
DaylightIsBurning
19.02.2018 19:06Для этой задачи острой необходимости в CRISPR нет. Такие эксперименты уже давно делают. Да что там эксперименты, ГМО в промышленности уже давным давно (c 1980х) используются в огромных масштабах. Так производят инсулин, например.
alPTR
В дополнение: «ГЕДЕЛЬ, ЭШЕР, БАХ: эта бесконечная гирлянда». «Глава XVI: Авто-реф и Авто-реп».