Чернобрюхая дрозофила (источник: geo.ru)

Изучение нервной системы человека и животных ведется учеными сотни лет. Конечно, за это время человек гораздо лучше стал понимать принцип работы отдельных нервных клеток и всей системы, из которых она состоит. Но до полного понимания еще далеко.

Изучение ведется по принципу «от простого к сложному»: если нет возможности сразу понять то, как работает, например, мозг человека, то специалисты занимаются изучением мозга более простых существ. Ученые из Университета Токай выбрали в качестве объекта для изучения мозг дрозофилы.

Мозг даже такого небольшого насекомого, как дрозофила — это очень сложная система. Для построения объемной модели этого органа ученым потребовалось много времени. Сейчас специалисты работают с рядом методик, которые позволяют без особых проблем изучать строение мозга. Например, ученые используют флуоресцентные вещества, которые высвечивают отдельные нейроны. Электронный микроскоп тоже помогает в изучении мозга, показывая его структуру на нейронном уровне.

После того, как отдельные нейроны «картированы», получившиеся изображения анализируют для составления единой системы. Отображение связей между нейронами и составление модели мозга и является конечной целью такой работы. Все это нужно для того, чтобы понимать, как все связано со всем, и как все это работает.



Объемная модель мозга, созданная при помощи компьютера, демонстрирует многие нейронные связи. Команда ученых Университета Токай под руководством Рюта Мизутнани разработала новый метод составления объемной карты мозга. Для этого используются особое вещество, отдельные молекулы которого прикрепляются к нейронам мозга. Далее ученые создают «скелетную карту» молекул при помощи облучения мозга рентгеновскими лучами. Используя свой метод, ученые смогли составить подробную объемную карту сети нейронов мозга насекомого.

В биохимии для создания 3D моделей сложных органических веществ используется особый метод. Для создания «скелетной карты» молекулы соединения используется рентгеновское излучение. Если это возможно, интересующее специалистов соединение кристаллизуется. А далее используется рентгеновская кристаллография (рентгеноструктурный анализ). Это использование рентгеновских лучей для выявления молекулярной структуры кристалла. Основан метод на явлении рентгеновской дифракции — рассеяния пучка рентгеновских лучей атомной структурой кристалла.

Этот метод неплох, но если структура вещества очень сложная, то для составления 3D модели молекулы вещества приходится тратить большое количество времени. Последние пару десятков лет ученым помогают компьютеры, которые анализируют полученные в ходе изучения вещества данные. Компьютерные системы помогают оценить позицию атома в трехмерном пространстве, затем изучается связь с другим атомом, потом — еще одним итак далее. Программное обеспечение понемногу выстраивает модель изучаемого вещества.

Мизутани решил использовать этот метод и ПО для определения местоположения и формы нейронов мозга дрозофилы. Здесь есть определенные сложности, одна из которых заключается в том, что нейроны — это вовсе не атомы. Это сложные объекты, которые могут сбыть связаны друг с другом самым необычным образом.

Для построения карты мозга ученые использовали метод, который называется рентгеновская томография. Это метод послойного исследования структуры неоднородных объектов в рентгеновском излучении, основанный на зависимости линейного коэффициента поглощения в рентгеновском диапазоне от состава и плотности вещества. Ученые пропитали мозг плодовой мушки серебристой краской, а затем просветили рентгеновским излучением. Специальная система помогла оценить отклонение рентгеновских лучей. А это, в свою очередь, и позволило создать трехмерную карту абсорбированных нейронами молекул красителя.

После этого ученые перешли к следующему этапу работы, используя эти данные для оценки местоположения и формы нейронов мозга. В ходе работы над созданием карты мозга дрозофилы использовалось специальное программное обеспечение. Оно позволяло убедиться в том, что система не расценит два рядом расположенных нейрона, как один, например. ПО постепенно составляло карту мозга мушки, отыскивая аномальные данные и проверяя их на наличие ошибок. Результат работы ПО проверялся оператором — человеком. Если что-то было не так, человек исправлял проблему.

В итоговой модели показаны 100 000 нейронов. Система отследила 15 000 связей между ними. На создание карты, по признанию ученых, потребовалось около 1700 человеко-часов. Но результат стоил всех потраченных усилий и времени. 3D-модель мозга дрозофилы является первой в мире. С ее помощью удалось идентифицировать уже известные образования в мозгу насекомого, а также обнаружить структуры, о которых ученые ничего не знали.

Работа японцев очень важна для дальнейшего изучения нервной системы животных и человека. С течением времени ученые надеются создать карту мозга более сложных организмов.

Дрозофилы в силу ряда своих особенностей являются популярным объектом для изучения. Годом ранее команда учёных из Медицинского института Говарда Хьюза в США представила интересную видеозапись, на которой отчётливо видна нервная активность личинки плодовой мушки дрозофилы.



Нервную систему личинки ученые изучали во время движения вперед и назад. На видео заметна передача сигналов от верхней части туловища личинки к нижней и обратно. По словам специалистов, эта модель очень подробна. Ее удалось создать благодаря использованию новых методов съемки нейронной активности организма.



Для того, чтобы все это стало возможным, Филиппом Келлером (Philipp Keller) и Мишей Аренсом (Misha Ahrens) генетически модифицировали плодовую мушку. Модификация заключалась в том, чтобы заставить каждый нейрон нервной системы этого организма флуоресцировать при получении или передаче сигнала. При движении использовалась оптическая система, которая позволила снимать личинку мушки одновременно с двух сторон.

Научная работа «Three-dimensional network of Drosophila brain hemisphere» была опубликована 8 сентября 2016 года (DOI: 10.1016/j.jsb.2013.08.012).
Поделиться с друзьями
-->

Комментарии (19)


  1. sim31r
    18.09.2016 20:08
    +1

    В результате должен быть какой-то эмулятор дрозофилы, и каждый сможет гонять на своем компе в виртуальном мире несколько тысяч мух в реальном времени, матрица всё ближе ))


    1. Stalker_RED
      18.09.2016 23:29

      100 000 и всего 15 000 связей? У дрозофил так и должно быть, или они не смогли все связи отследить?


      1. Quiensabe
        19.09.2016 00:08

        судя по тому, что «модель мозга… демонстрирует многие нейронные связи» — вероятно удалось считать далеко не все связи.


      1. Wuzaza
        19.09.2016 09:14

        Видимо дрозофила тоже использует свой мозг только на 10% :D


      1. martin_wanderer
        19.09.2016 12:21

        Вот тот же вопрос заинтересовал. Это явне не все связи, поскольку каждый нейрон обязан иметь хотя бы одну связь, т.е. должно быть минимум 50 000 связей. Чисто математически — понятно, что 50 000 разобщенных пар ну никак не могут быть мозгом — т.е. связей еще больше.


    1. vmchaz
      19.09.2016 01:59
      +1

      Одной только карты нейронов мало. Нужно знать хотя бы примерные веса каждого из синапсов — иначе это больше напоминает полное воссоздание дерева каталогов и размеров файлов — но без самого содержимого файлов при восстановлении из бэкапа.
      Но что это сделано — вообще да, серьёзное достижение.


      1. sincosxy
        19.09.2016 04:10

        Не факт, что реальный мозг работает на тех же принципах, что и ИНС.


        1. Simonis
          19.09.2016 12:21

          Я не спец, и ни в коем случае не утверждаю что ИНС работает так же как реальный мозг, но, вроде бы, есть такое понятие как «связность нейронов». Так что скорее согласен с товарищем vmchaz


  1. simki28781
    19.09.2016 03:13
    -1

    А не проще ДНК код «развернуть» в эмуляторе и на готовой модели проследить все связи клеток? Код ДНК известен, правда больше ничего не известно. Но подумать над этим интересно было бы. Метод масштабируется от вирусов до человека.


    1. vmchaz
      19.09.2016 05:54

      Не проще — вычислительных мощностей не хватит.
      Посмотрите вот здесь: https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics
      В частности, сколько ресурсов занимает симуляция даже нескольких десятков тысяч атомов.
      Когда параллельные вычисления достигнут нужного уровня — может, и получится.


      1. simki28781
        19.09.2016 17:01

        Я лет 10 назад наверное ставил скринсейвер с распределенными вычислениями в придачу, поиск лекарства от рака и прочего. Что-то подобное и рассчитывалось.

        В живом организме, есть масса способов для оптимизации расчетов, уникальных белков не так много, как и клеток, заменить их обобщенной моделью, и не нужно анализировать миллиарды атомов отдельно.

        Начать можно с такого микроорганизма
        http://www.nkj.ru/news/28446/
        Создан синтетический организм с минимальным набором генов
        … Конечно, JCVI-syn3.0 пришлось снабдить почти всеми питательными веществами – чтобы минимальный геном работал, клетка должна была находиться в идеальных условиях. Функции жизненно важных генов легко угадать, они занимаются синтезом ДНК, белков и мембран. Однако среди них было 149 генов, насчёт которых до сих пор непонятно, зачем они нужны. Причём многие из них оказались довольно консервативны в ходе эволюции, то есть некоторые из этих 149 в почти неизменном виде можно обнаружить даже у высших эукариот.

        Эти исследователи пошли другим путем и добились интересных результатов.


  1. Bakari
    19.09.2016 10:41

    Вообще-то это не первая реконструкция мозга мушки. Еще в 2011 году тайваньцы картографировали 16000 нейронов и установили в какие области мозга они идут. Но это не уровень синаптической точности.

    http://www.flycircuit.tw/modules.php?name=gallery&parent=gallery&op=movie

    Сейчас https://www.janelia.org/project-team/flyem и некоторые другие команды занимаются восстановлением коннектомов отдельных частей мозга, но до полной реконструкции со всеми синапсами еще очень далеко.


  1. fivehouse
    19.09.2016 11:01

    «Ученые пропитали мозг плодовой мушки серебристой краской...» Статья должна называться немного по-другому: Ученые впервые составили 3D модель мертвого и измененного мозга мертвой дрозофилы.


    1. vmchaz
      20.09.2016 03:33

      Мне интересно, а если заморозить этот образец до очень низких температур, а потом послойно сканировать электронным микроскопом?
      Теоретически, «разрезая» разные синапсы, можно даже будет увидеть различия в них — а потом установить, какой вид синапса на срезе соответствует какому весовому коэффициенту


      1. Bakari
        20.09.2016 09:56

        Так сейчас и делают http://bcove.me/c0gc7t3n (это ссылка на видео) только замораживать для этого не надо.
        Только процесс работы с фотографиями крайне непростой. Вы можете сами попробовать на примере проекта http://eyewire.org/ в котором силами обычных людей восстанавливают нейрона сетчатки крысы.


  1. Lost_Star
    19.09.2016 12:08

    Интересно додумаются позже сформировать нейроную сеть и подключить её к квадрику? Зачем? Да потому что мы можем.


    1. sim31r
      19.09.2016 23:53

      ПИД регулятор всем лучше. Так можно еще эмулятор глаза дрозофилы прилепить, черно-белый сенсор 100х100 пикселей, медленный, бессмысленный и беспощадный, отсталый, как сама органическая жизнь. Не забываем, что время релаксации нейрона 200 мс, против 0.1 нс у транзистора в процессоре, скорость передачи сигналов 120 м/с против 300 000 км/с в процессоре и много чего еще.


      1. 3draven
        20.09.2016 02:27

        Да, расскажи нам как квадрики на пидах летают… ага.


  1. Kuznets78
    19.09.2016 12:09
    +1

    Silver_metal: тут пришла идея присвоить инвентарные номера мухам-дрозофилам
    Den Stranger: О, а зачем?
    Silver_metal: для бюрократии
    © башорг